真っ赤なギターを背負ったその男は、機械だった…!?　ロボット工学の権威・光明寺博士が、亡き息子を偲んで開発した人造人間「ジロー」。彼には特別な「良心回路（ジェミニィ）」が備わっていた！　が、研究支援者でもあった大富豪ギル教授の企みにより研究所は爆発、博士は行方不明となる。回路が未完成なまま消えた「ジロー」を探せとの父のメッセージに、娘のミツコは…？　自らの存在意義に苦悩する石ノ森ヒーロー、登場！

「良心回路（ジェミニィ）」を修理してもらおうと、ジローは光明寺家へ帰る。が、出迎えたのは、偽の光明寺博士と娘のミツコ。「良心回路」を破壊し、言うがままのロボットにと望む彼の正体は、ギル教授。──支援者を装って、光明寺博士にジローを含めた13体のロボットを開発させたのち、研究所を爆破して博士を連れ去った、悪の組織「ダーク」の統率者だった…！　一方、本物のミツコと弟マサルは、ジローを探し北海道へ…!?

未完成な「良心回路」を持つ人造人間「キカイダー」ジロー。ある日、放浪するジローの前に一人の男が現れる。ジローの電子頭脳をコントロールする口笛を吹く、彼の名はサブロウ。光明寺博士に作られたジローの弟であり、しかも、光明寺博士の脳が移植された人造人間「ハカイダー」だった!!　「良心回路」が制御不能となって暴走したジローは、ハカイダーに敗れ両腕を破壊される。そして何故かギル教授の秘密基地に運ばれて…!?

ギル教授の基地を破壊し、光明寺博士を取り戻したジローは、飛騨の山寺で、兄「キカイダー01」と出会う。そこへ、ハカイダー4人衆に追われて女性と幼い少年が逃げ込んで来た。なんと少年はギル教授の息子。教授が開発した最終兵器「ジャイアントデビル」の設計図をその体に隠され、同情した看護師ルミ子に連れ出されたのだ。さらに、最終兵器を狙うもう一つの巨大組織「シャドウ」が現れ、事態は恐るべき三つ巴の様相に…!?

最終兵器「ジャイアントデビル」は、島一つを吹き飛ばす威力を持ちつつも不完全だった。ギル博士の子、アキラとルミという双生児の背の二つの設計図が揃わねば制御不能なのだ。ハカイダー（ギル教授）、影の組織「シャドウ」、そしてジロー達。三つ巴の設計図争奪戦の行方は…!?　渦中に現れる謎の女・ビジンダーとは？　そして物語は衝撃のラストへ…！　人間とは、善悪とは？　深いテーマを投げかける不朽の名作、ここに完結！