資源調査船の乗組員全員が行方不明になる事件が世間を騒がす。 城原真都は中学２年生、渦中にある調査船を保有する会社に勤める姉・真周の元へ着替えを届けたところで、同じ学校に通う宇藤かがりと出会う。 かがりの兄は調査船に乗っており、その身を案じていた。 そこへ謎の特殊スーツを来た男が海中より現れーー！？　 太平洋の真ん中に沈む謎の「島」をめぐる冒険が今、はじまる！！

かつて高度な科学技術を持ち、特殊スーツ＜武殻（タロア）＞を使い太平洋に君臨した 超古代文明の島「プロトゥ」を巡る争いに巻き込まれた中学２年生の城原真都。 真都は、その島から＜武殻＞を奪い帰還した日滝、島の調査に向かい行方不明となった兄を 案ずる同級生のかがり、そのかがりと結合してしまった人工妖精パニと共に、 日本に遺された島の手がかりを探すことになる。 敵対勢力からかがりを守るため、＜武殻＞を装着することにした真都の試練ははじまったばかり…。

特殊スーツ<武殻(タロア)>を創り出し太古の太平洋に君臨した島「プロトゥ」を 巡る争いに巻き込まれた中学2年生の城原真都と宇藤かがり。 真都とかがりは、その島から<武殻>を奪い帰還した日滝と共に、 その島を起動させる鍵を探す最中、島の王族の末裔と思われる伊佐美たちに会う。 だが、そこへ敵勢力が乱入、伊佐美が誤って装着した<武殻>が暴走する。 日滝はそれを止めようとするが……。

海底に沈んだ超古代文明の島「プロトゥ」。その復活の鍵となる“キィの鍵”（キィズ・キー）を巡る争いは激しさを増す！ その争いに巻き込まれ、“大切な人”日滝を亡くした城原真都たちは、ついに鍵を見つける。 だがその前にプロトゥの利用を企む陣営に付いた、かがりの兄・千瑛が立ち塞がった。 真都は日滝の遺志を継ぐため、そしてかがりを守るために＜武殻（タロア）＞を身にまとい、闘いを選ぶが――!?

海底に沈んだ超古代文明の島「プロトゥ」。その復活の鍵となる“キィの鍵”(キィズ・キー)を巡る争に巻き込まれた中学生、真都（まさと）とかがり。 連れ去られたかがりを奪還した真都だったが、友だちと思っていた緋刻（ひとき）は<武殻>（タロア）の力を市街地に向け、多数の死傷者を出した！ 衝撃を受ける真都は“鍵”と緋刻を追って、ついに大海原へと漕ぎ出す――!!

海底に沈んだ超古代文明の島「プロトゥ」。その復活の鍵となる“キィの鍵”(キィズ・キー)を巡る争に巻き込まれた中学生、真都(まさと)とかがり―― 鍵を奪い、市街地を＜武殻＞（タロア）で破壊した緋刻らを追う真都たちだったが、収容されていた巡視船を沈められ、救命艇で太平洋を漂流するはめに。 その間にも「島」復活の準備は進められ… 真都は野望を止められるのか？ 失われた超古代文明がよみがえる!?

悠久の時を超え、太平洋へ再浮上した超古代文明の島”プロトゥ”――緋刻はその移動する島を「どく」で冒し、日本へ進路を向ける。この事態に自衛隊、ついで米軍も動き、現代文明VS超古代文明の戦闘が迫る。 そして島に潜入した真都たちは、緋刻を追ってプロトゥの中枢である「天の石」へ向かった。少年たちの冒険、そして戦いの結末は…？　海洋ＳＦジュブナイル、ついに完結!!