昭和19年・東京。アメリカ人の父と日本人の母を持つ少年・椎名陸は、目の色が青いため、人ーから迫害されていた。戦局の悪化と共に、以前は親しかった仲間にまで疎まれるようになり、陸は空襲でやられた瓦礫の町をさまよう。そこで陸は、背中に謎の刺青が施されている中国人の少女と出会った。彼女の名は蔡麗芳（ツアイ・リーファン）。麗芳は陸に自分のことを「世界を滅ぼす女」だと告げる…。

中国へ向かう船の中で、添島機関が差し向けた実験体・菊間少尉に襲われた陸と麗芳。危機一髪の２人の前に、神道海という正体不明の男が現れた。神道は菊間に真っ向から立ち向かうが、その最中、船はアメリカの潜水艦の攻撃を受け沈没してしまう。海中に投げ出された陸たちは…？

麗芳を一族の手で守ることにこだわる空（コン）は、陸と１対１で対決する。だが、そこに添島機関が送り込んできた戦闘員が現れ、空と陸は一時休戦。空、陸、さらに海は、戦闘員を倒すため力を合わせる。対決の行方は、そして「蒼い龍」の正体とは…!?　秘められた謎がついに明らかに!!