ぜんそく持ちの少年・成神蹴治（なるかみ・しゅうじ）は、父・龍（りゅう）が創った桜木（さくらぎ）高校サッカー部でプレーするのが夢だ。桜木高校入学式の前日、蹴治は北海道からやって来た少年・犬童（いんどう）かおるに出会う。二人は、訪れた桜木高校の練習試合で急きょ、後半戦から出場することに。蹴治とかおるがピッチに立った時、奇跡が生まれる……!!

去年の東京王者、仁多花（にたか）高校との練習試合が決まり、偵察にやって来たかおると蹴治（しゅうじ）。仁多花は天才、黒夜（くろや）のプレーを中心に組み上げられた歴代最強チームだった!!　そして蹴治たち桜木（さくらぎ）高校にも『喧嘩屋ゴールキーパー』近藤（こんどう）と、『闘将』如月（きさらぎ）という個性豊かな新戦力が加入。打倒・仁多花の秘策をひっさげ、弱小・桜木高校が王者・仁多花に闘いを挑む!!

前回の東京王者、仁多花（にたか）高校との激戦つづく！　黒夜（くろや）の出場で怒濤の攻めをくらうことになった桜木（さくらぎ）高校。だが、かおるはチームのため走り続け、大塩（おおしお）は皆に激を飛ばし、如月（きさらぎ）や鳥飼（とりかい）はゴール前に飛び込みチャンスを作る！　あきらめない桜高メンバー達の気持ちがこもったボールを最後に受け取ったのは蹴治（しゅうじ）!!　果たして想いはゴールに届くのか!?

天才GK・千手（せんじゅ）率いる椿原（つばきはら）実業とのインターハイ2回戦がはじまった！　千手はDFへの巧みな指示と完璧なポジション取りでゲームを完全に支配。蹴治（しゅうじ）が放つシュートは全てコースを限定され防がれる。だが、かおるだけは千手のカラクリに気づいていた。速度と精度を増したパスでプレイのレベルを上げるかおる。そのプレーに呼応する蹴治。そして対抗する千手。好敵手（ライバル）の存在が少年達を急激に進化させ始める!!