旗ヶ谷学園と「彼女」たちが存在した〈仮想世界〉を、運命を操るフラグ能力で救った旗立颯太（はたて・そうた）は現実世界で目覚める――。そこで待っていたのは現実界の「彼女」たちと、新しい試練だった！　原作ラノベにつづいてコミックスも第2部に突入。菜波（ななみ）たちはもちろん、新しい「彼女」も迎えて贈る新しい学園イチャコメ、いよいよスタート!!

量子コンピューター・グリモワール内に構築された仮想世界から現実世界に帰還した颯太（そうた）。その現実世界では颯太はブレードフィールド公国の王子で、菜波（ななみ）は姉でお姫様だった!?　父である国王から招請を受け、婚約者となった茜（あかね）をともない公国に赴いた颯太を待っていたものは天界からの侵攻だった！　フラグ能力を失った颯太は、魔人ミーロワースの助けにより専属メイドの眞奈花（まなか）と、からくも日本に脱出するが…。

現実世界で再会した凜は、なぜかフラグ能力を持っていた!?　しかしこの出会いが颯太（そうた）のフラグ能力を復活させるのだった。再びフラグが見えるようになった颯太が目にしたもの。それは瑠璃（るり）の頭上に黒々と不吉にはためく死亡フラグだった!!　颯太はこのフラグを折り、瑠璃を救うことができるのか…!?

瑠璃が人を遠ざけていたのは、死の病に犯されていたからだった。救う手段はアンドロイドの躯体にその精神を移すこと…。全てをあきらめていた瑠璃はそれを拒否するが、颯太とクエスト寮の皆の思いが届き、瑠璃は生きることを選択するのだった。凜、芹香、鳴、くるみ子、美森と次々と颯太の元に集まる「彼女」たち。そして最後の一人、白亜が重大なメッセージとともにクエスト寮に現れた。