千年帝国歴1250年、北方の大国、ニヴラス帝国が世界制覇に乗り出した。これは、大空を自在に駆けめぐる飛竜にまたがり、ニヴラス帝国に挑戦する戦士達の物語である。空に憧れる盗賊の少年ゼファは、偶然にも滅びたはずの竜騎士（ドラゴンナイト）と出会った！　帝国打倒を目指す竜騎士達とゼファは、共に旅することとなる。そして、ニヴラス帝国の攻撃は彼らに容赦なく降り注ぐのであったが……。

竜騎士団（ドラゴンナイツ）を復活させ、ニヴラス帝国と戦うために散り散りになった仲間を捜しに古都、アレクソニアにやって来たゼファ達。待ち受けていたのは、ニヴラス帝国の刺客“蝶のパフィオ”だった。彼女の張った罠におちたマズル達を救ったのは第三の竜騎士、ダク＝テイルズであった！

南カルタグラ帝国へニヴラス帝国の攻撃が始まった。「ニヴラスを相手に戦うならオレ達はいつでも力を貸そう」マズルの言葉で南カルタグラ帝国と同盟を組んだ竜騎士団。海からの魔獣の奇襲に炎上する王都カナーン。マズルは敵将ギュンツに一騎討ちを挑む……。

激しかったカルタギア海の戦いを終え、竜騎士団はタルチネア王国の西の都トリアンタを訪れていた。そこで、ゼファとユーリアは二人で街へ食糧調達に駆り出された。買い物を終え、マズル達の元へ戻る途中トリアンタ兵に捕まりニヴラスへの貢物として連れて行かれそうになってしまう。そこに、生きた剣“魔剣ミステルテイン”を操る魔剣士レイフが現れて…!?

新しく仲間を迎え、意気揚々とアジトに戻った竜騎士団だったが、そこに届いたのは、ギート王国にニヴラス軍が攻め込んだという知らせであった。度重なる戦の中で王が戦死したギート王国では11歳の王子ハードレッドが国王に即位しようとしていた。混乱する民衆達を何とか奮い立たせる騎士団長のウルフノートであったが、ニヴラス軍の奇襲に遭い絶体絶命の危機に……。しかし、そこでマズル達がついに立ち上がった!?