灰嶺中学２年D組は新学期に「２-D序列」と題したクラス全員の序列が記してあるメールが届く。しかし、“序列１位”の姫山椿はクラスの不穏な空気を打ち破る。姫山のおかげで普通のクラスになったかと思われた11月──。姫山が校内で自殺してしまう…。葬儀の帰りに教室に戻ったクラスメイト達の机に姫山椿から「遺書」が置かれていた！　死者からの「遺書」を巡り２年Ｄ組の闇が暴かれる!? ※本商品は、デジタル版限定カバーのデザインを表紙・特典に収録した特装版です。

序列１位の姫山が遺した、クラス全員分の「遺書」。感謝の「遺書」と思っていたクラスメイトだったが見方を変えると「恨み」や「嫉妬」にも取れる内容だった！　さらに、女生徒が何者かに「遺書」を奪われる事件が発生。そして、遺書公開２回目…。ついに姫山の交際相手、赤崎の遺書が公開される！

自殺した姫山椿の恋人の本性と二人の仲が平和ではなかったという結末に全員が愕然とする…。そして、遺書を公開することに「疑問」が生じる。不審だらけの「遺書公開」は姫山椿の１年生時からの同級生３名の遺書公開となるが…。１年生の頃を知る、３名の遺書に隠されていたのは…!?　次第に垣間見えてきた２年D組の闇!!

姫山椿の自殺の真相は新学期に送られてきた「序列」が原因なのではと疑い出す。「序列」を送った人物を知る森本蘭は自ら言い出すことを強要する…。そして、遺書の公開を頑なに拒否していた序列29位の山根が遺書を公開すると言い出すが…。「序列」を送った人物は？　そして、辿り着く衝撃の展開!!

２年D組の序列の謎が判明し、クラスの序列が瓦解した矢先、姫山の一番の親友でもある御門凜奈が遺書を公開する。姫山の一番の理解者、親友を豪語する御門であったがある事を指摘されて、御門の闇が曝け出す!!　親友と思っていた二人の間に一体何が!?

常にクラスをかき乱す千蔭の遺書が公開されることになる。千蔭は遺書の内容から自殺の原因は２年D組になることを確信していた。そして、新たに遺書を読むことになるがそこに書かれていたのは文化祭での出来事だった。文化祭で起きた２年D組の闇が露見する!!

姫山の自殺時に「２年D組の誰かといた」という噂が駆け巡る。噂の発端を確かめようとした廿日市達はある人物に辿り着く。噂を流した意図、そこから暴かれる闇とは…？　そして、２年D組の担任・甲斐原の遺書が公開される。大人もまた大きな闇を抱えているのか…？

不登校児だった絹掛がついに公開の場へ――。遺書を置いたと思われる池永を目撃した絹掛の公開は様々な憶測を生む。そして、最後の一人、池永は誰も知らない過去があった！　それは姫山椿との大切な思い出…。

不登校児、絹掛の指摘により、遺書は姫山が書いたものではないという疑惑が浮上する。そして、遺書を書いたのはまったくの意外な人物だった…。なぜクラスメイト全員に遺書を書いたのか？すべては２年D組に蔓延る「序列」が関係していた！自殺の真相、遺書の意図…すべてが明らかにされる最終巻!!