３度の世界大戦が「国家」を解体した時代に、生まれ始めた能力者。彼らは恐怖と嫌悪を込め『E’S』と呼ばれた――。

内からは知ることのなかったアシュラムの実態を知り、戻るべきかどうか迷う戒。ガルドの闇医者の診察を受けるが、その診察中、封じられていた過去の記憶が浮かびあがる。

戒が消えた人工都市ガルドで、マリアが勇基に接触する。一方、教会に能力を拘束されなす術もない戒が目にしたのは…。プレリュード版『E’S』も収録。

明日香をゲリラの指導者矜宮に会わせることを承諾する勇基。また、アシュラム内部では戒を連れ戻そうとする新たな能力者部隊が編成される。何かが動き始めようとしていた…。

教会が行っていたのは幼い能力者の人為的な操作だった。人を傷つけないために強くなる。その思いは戒をガルドの地下に向かわせる。そこで出会った人物は…!?

教会の陰謀を阻止するためにガルドの地下に降りた戒、ゲリラの招聘に応じた勇基。アシュラムとゲリラの戦いの最中、戒は勇基と再会を果たすのだが…。

勇基、明日香と再会したことで、ガルドを自分の居場所として再認識する戒。平穏な日常もつかの間、三人の元へ戒に遺恨を持つマリアが現れる…。

マリアを交えた４人の生活の中で、戒はアシュラムへの不審を徐々に自覚していく。しかし、アシュラムのガルド支配は次第に本格化し――。戒に再び追手が迫ろうとしていた…。

明日香が能力者である可能性を示唆するマリア。半信半疑の戒に対し、動揺を隠せない勇基はガルドの闇医者浅倉の元へ向かう。そこで、勇基の下した結論とは…。

病院編クライマックス！　戒と曳士の出会いを描く過去編も完全収録。