時は21世紀…。麻雀の実力が人生を左右する時代に、二人の天才女子高生が舞い降りる。毎局プラスマイナスゼロで和了（アガ）る少女・宮永咲。全国中学生麻雀大会個人戦優勝者・原村和。互いの生き様が交わる時、熱き物語の幕が上がる――!!

強化合宿を経て、さらなる進化を遂げた清澄（きよすみ）高校麻雀部は、全国の登龍門である県予選出場の日を迎えた。強豪ばかりの会場に、胸が高鳴る咲（さき）。負けられない重圧の中、注目が集まる和（のどか）。それぞれの想いを胸に秘め、少女達は大舞台へ挑む――!!

混迷極まる県予選決勝――。先鋒戦では好調な滑り出しを見せた清澄高校麻雀部だったが、強豪達に翻弄され始め、気付けば最下位へと転落…。さらに、出番まで仮眠をとる咲と和に予期せぬ魔の手が忍び寄る…。果たして、不運続きの少女達を待ち受ける運命とは――!?

各校、ほぼ横並びの状態で迎えた県予選決勝副将戦。ネット麻雀界最強と謳われた和の前に立ちふさがるは、県内屈指のデジタル派・龍門渕透華。大注目の同系打ち筋対決を制するのは、果たして――!!

全国行きを決める県予選決勝も、いよいよ大将戦へ突入──!　皆の想いを託された宮永咲は、開始からその強さを発揮する。だが、そんな彼女をも凌駕する、全国区の“魔物”がついに、動き出す!!

“魔物”の支配下に置かれ、残花一輪の宮永咲…。それでもなお、熱き闘志を燃やす彼女は、自分自身の原点を見つめ直す…。そして今、新たなる進化を遂げた天才少女が再び、卓上に咲き誇る──!!

ついに最終局を迎えた県予選決勝、大将戦…!!　独走する“魔物”天江衣の支配をかわし、宮永咲は全国の切符を手にすることができるのか──!?

四校合同合宿を終えた清澄高校麻雀部は、それぞれの熱き想いを胸に秘め夏を迎えた…。そして、高校生雀士の頂点を決める闘いが今、始まる──。

スピンオフコミック「咲-Saki-阿知賀編 episode of side-A」も待望のアニメ化で、人気絶頂の本格美少女麻雀物語（ガールズマージャンストーリー）!!　加熱するインターハイ２回戦。全国の頂点を目指す清澄高校麻雀部の前に立ちはだかるは、同じく頂点を目指す強豪たち。負けられない、負けたくない、熱き闘志の彼女たちが卓上という名の舞台で熾烈に舞う!!

加速するインターハイ２回戦の副将戦。局面の最良を数式で示す「確率」。凶悪な邪気を封じ込める「防塞」。魑魅魍魎で場を破壊する「鬼門」。ひたすらに努力を重ねる「堅実」。混迷極める、水面下での激しき攻防戦を制するは誰だ──…!?