宇宙エレベーター「エンデュミオン」の完成が迫る学園都市。「上条当麻」と「インデックス」は、歌手を夢見る少女「鳴護アリサ」と出会い、オーディション合格の一報を共に喜んでいた。しかし突如として現れた魔術サイドがアリサを襲撃する。彼女を狙うその理由とは一体…!?　科学と魔術、地上と宇宙、禁書目録と超電磁砲のすべてが交差する、奇蹟の劇場版アニメを完全コミカライズ!!

科学と魔術の両サイドからその身を狙われる「鳴護アリサ」は、混戦の末「レディリー」の元へと連れ去られてしまう。アリサを取り巻く事情を知った「上条当麻」と「インデックス」は、「エンデュミオン」の完成披露式典が行われる宇宙へと、アリサ奪還を胸に誓い飛び立つ…!!　「シャットアウラ」の願いと「レディリー」の呪いが引き起こした物語に、再び訪れる奇蹟とは…!?　とあるシリーズの人気キャラが総出演で贈る奇蹟の劇場版コミカライズ、ここに終幕!!