――時は江戸。川で溺れ死んだ百姓の半兵衛と政吉は、気がつくと謎の古寺に転送されていた。堂内に鎮座するのは得体の知れない黒い球。戸惑う半兵衛たちをよそに、球は「宮本武蔵を倒せ」という指令を彼らに与え…。「GANTZ」シリーズ最新作、開幕!!

謎の古寺に置かれた黒い球。その指令により「宮本武蔵」を討伐することになった半兵衛たちは、わけもわからぬまま真夜中の川原に転送される。武蔵出現を待たずして現れた異形たちの前に苦戦を強いられる中、半兵衛の戦闘の才能が徐々に開花し…!?

遂に姿を現した討伐対象「宮本武蔵」。その圧倒的な力を前に半兵衛たちはなすすべもない。瀕死の状態に追いつめられる一行だったが、突如、異形のスーツを身に着けた集団が出現。武蔵の剣技をものともしない彼らの正体とは…!?

休息も束の間、再びガンツに呼び戻された半兵衛たちは、夜の寺へと転送される。そこで一行は奇怪な仏像の集団と邂逅。スーツを着ていない参加者を守りながらの戦いに苦戦する中、さらなる力をもった敵が眼前に出現し……!?

一行は襲い掛かる大仏に圧勝し、脅威に思われた仏像の集団も撃破した。任務は完了し、元居た場所へ還れると安堵するも、時は進まず。破壊された一体の仏像は、その元の姿を顕現させる。大将首・千手観音。斬り込むは歴戦の男、雷蔵――！

大将首・千手観音の変現に怯むも、半兵衛たちは連携して反撃し、ついにその首を落とす。しかし首は嗤い再び浮かび上がる。傍らには、呼吸も浅く瀕死状態の咲。果たして一行は誰も欠けず還れるのか…。そして、ある人物に驚天動地の事態が起きる。転ずる先は吉か凶か――？

千手観音を討ち取り、日常に還ってきた半兵衛たち。それぞれに平穏な日々を送るなか、捨蔵にもう1つの意識・千手観音が宿る。そして政吉と雪姫の間には、逃れられぬ確執が生まれ……。不均衡となった彼らは再び招集され次なる任務へ向かうが――。