実は魔法使いである10歳のネギが、修行として女子高の先生に!!　31人のお姉さまたちとのドキドキスクールライフにネギはたじたじ!?

期末テストのクラス成績が最下位だと、2-A解散＆ネギ先生がクビ!?　このピンチを乗り切るため、読むだけで頭がよくなる「魔法の本」を探しに、バカレンジャー＋このか＋ネギは「図書館島探検隊」を結成!!　それぞれの運命を懸けた大冒険が始まる!!

A組も3年に進級!!　正式な担任になって、クラスのみんなと仲良くなるぞ！　と、やる気満々のネギ先生。だけど、そんな彼の命を、生徒のエヴァンジェリンが狙っていて‥‥!?　日本に来てから最大のこのピンチ、果たしてネギは乗り切れるのか!?

仲直り（？）したエヴァンジェリンから、行方不明の父に会うヒントが京都にあると聞いたネギ。偶然にも修学旅行先が、京都・奈良と知り、思わず大コーフン!!　ワクワクドキドキの修学旅行だけど、京都では、恋に、魔法に、あの子の秘密にと、連続大トラブルが待っていた!?

修学旅行も二日目に突入!!　のどかから愛の告白を受けたり、朝倉に魔法使いだと正体がバレたり、ネギは大パニック!!　おまけに「ラブラブキッス大作戦」が3-A女子の間で計画され、ネギの唇争奪戦が繰り広げられることに!?

白い少年との魔法大戦に、“あの人”が！　――ついに関西呪術協会の総本山にたどり着き、ネギ一行は「仲直り」ミッションを成功させることに。しかもこの総本山が、このかの実家だったんですから……お泊まりを楽しむしかないっ。そう、朝倉・のどか・ハルナたちが、魔法で“石化”させられた姿を見る、その時までは……。もうこれ以上、生徒を巻き込めない！　独りぼっちで巨悪に向かうネギは、そして己の限界を知ることになる――。

嘘ッ、ネギがエヴァンジェリンに弟子入り宣言!?　――白い少年との魔法対決にて、自らの限界を知ったネギ。それでも「立派な魔法使い」を目指そうと、最大のライバル（!?）・エヴァに教えを乞う。困ったエヴァは、弟子入りを阻止するため、「茶々丸に一撃を入れること」という無茶なテストを提示する……。最大の敵は、ひ弱な自分。まき絵やクーフェイに励まされながら、ネギはいま、生まれ変わる！

少年は、「立派な魔法使い」になりたかった。ネギと父親の物語――。コソコソ密会しているエヴァとネギに、不審を感じたアスナたち。もしやエッチなことが……!?　と、エヴァの魔法空間に飛び込んだ女子たちは、ネギの知られざる一面を目撃することに。どうしてそんなに強くなりたいの……？　その答えは、ネギと父親の「宿命」の中にあるのだった！　感極まるアスナたちの前に、憎き宿敵・ヘルマンが現れて……。

乙女の欲は、海より深い!?　ラブコメ盛りな学園祭の始まりですよっ。――コスプレ少女が大暴れする世界一（!?）の学園祭・麻帆良祭は、集客なんと40万人。そんな大イベントともあれば、女子のハートを射止めまくりの魔性の10歳・ネギ先生は、生徒との約束だらけでてんてこ舞い。おまけに、タカミチ先生に憧れるアスナから、「恋の世界樹伝説」の練習台として選ばれちゃって……時間が何回来ても、足りませんっ！　

のどかとネギが、「大人のキス」!?　タイムマシーンにお願いしちゃう、学園祭編！――モテモテゆえにスケジュールが超過密状態のネギ先生。時間が何度も来ればいいのに、と願っていたら……なるもんです！　謎の少女・超（チャオ）からもらったタイムマシーンのおかげで、のどかとのデートも上手に進行。のどかが、「大人のキスをしたい」と呪いをかける、それまでは。「恋の世界樹伝説」阻止班とのバトルもアツい、第1日目！