悪夢のような巨大昆虫発生から３年が過ぎた夏休み。野崎登ら高校生グループ８人は課題のため横浜みなとみらいへとやって来た。無事見学を終え、観光がてらランドマークタワーの展望台へ登った８人。だが、展望台から見下ろす横浜の街には、巨大な昆虫の群れが迫っていた――!!!

巨大昆虫の悪夢、再び――。みなとみらいへと押し寄せる触手が赤レンガや観覧車を押しつぶし、ジャンボジェットがランドマークタワーをかすめ墜落してゆく。登らは、安全な場所へと脱出すべく展望台から地上を目指すが…!?　どこまで逃げても羽音は迫る!!　世界はこんな風に終わってゆくのか!!!?

巨大昆虫の襲撃から逃げ延び、なんとか避難所へと辿りついた登たち。だが、避難所も昆虫の群れに襲われ、もはや横浜の街には逃げ場がなくなりつつあった。あまりの惨状を前に、ついに政府は最後の手段に出るが…!?新型爆弾「デセクト」。核に次ぐ破壊力。――最悪の夜は、続く!!

ついに、横浜市街地に新型爆弾「デセクト」が投下された！巨大昆虫から逃げまどう多くの市民が爆発に巻き込まれ犠牲となる中、なんとか生き延びた登たちは自衛隊員・桐谷と共に隔離区域からの脱出を図る。一方、事態収束の手がかりを探す森宮は隔離区域へと侵入するが――!?巨大昆虫VS人類、ついに決着!!!!