対話不能の異生物・ガウナ（奇居子）に太陽系を破壊されて千年。人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を旅する、巨大なる播種船・シドニア。シドニアの最下層で育った青年・谷風長道（たにかぜ・ながて）は、衛人（モリト）と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、歴史的名機・継衛（ツグモリ）への搭乗を許される。長道の命を賭（と）した戦いが今ここに幕を開ける！

重力祭りの夜、シドニア最強の四人の戦士が飛び立った。だが、対話不能の異生物・ガウナ（奇居子）に唯一効果的な兵器・カビザシを遺失した戦士たちになす術はなかった。ガウナとの接触を回避するため、艦長の判断により、緊急加速を行ったシドニアは重力制御を失い艦内に大量の犠牲者を出す。カビザシ回収の為に出撃した長道（ながて）の勇士に艦内すべての人々は歓声を上げた！

衛人（モリト）を象ったガウナ（奇居子）がシドニアに襲いかかる。そのコックピットには人の姿をしたエナ（胞衣）がいた。ガウナの目的は何なのか？　なぜ、シドニアを襲うのか？　ガウナに唯一効果的な兵器・カビザシはなぜ、二十八本しか備蓄していなかったのか？　シドニアの過去に何があったのか？　謎が次々と解き明かされるとともに、長道（ながて）の運命が激しく動き出す！

ガウナ（奇居子）の脅威に対し防戦一方だったシドニア。だが、ついに艦長は積極攻勢によるガウナ殲滅を決意する。その決断を後押ししたのは、衛人（モリト）操縦士として英雄視されるまでになった長道（ながて）の成長ぶりだった。一方で、次々と明らかになる科学者落合（おちあい）の異常な研究の数々。戦いは今、新たなる局面へ突入する!!

新たなる「敵」は巨大な小惑星と融合したガウナ（奇居子）!!　ガウナ本体貫通弾の完成により、戦争は一気に人類の勝利へと傾いたかに見えた。だが、そんな人類の前に現れたのは、播種船シドニアの大きささえ凌駕する巨大な小惑星。そして、一撃で一個小隊を葬り去る高知能型ガウナ紅天蛾（ベニスズメ）だった。シドニア滅亡まで、あと三時間――!!

新兵器登場！　東亜重工、新型衛人（モリト）開発――。小惑星と結合してシドニアに向かってきたガウナ（奇居子）。そして高知能型ガウナ紅天蛾（ベニスズメ）との戦いは、ついに決着へ！ 兵力壊滅の危機の中、岐神（クナト）開発が不気味な動きを見せ始める。不安と思惑がシドニア内部で渦巻く中、東亜重工による新型衛人の開発が進められていた。

“正道”ロボットSF漫画、人類全滅の危機に立ち向かう!!　ガウナ（奇居子）対ガウナ!?　新たな異形の生物が登場し、戦争の行方、そして人類社会に変化が訪れつつあった。新型衛人（モリト）を得た長道（ながて）たちは、これまでの防戦一方の戦局をくつがえすべく、ガウナの拠点・小シュガフ（衆合）船オカリナへ直接乗り込むことを決意する!!

エースパイロットに成長した谷風長道（たにかぜ・ながて）は、友人・科戸瀬（しなとせ）イザナとともに、純粋な心を持つ「融合個体」白羽衣（しらうい）つむぎとの交流を深めていく。一方、「不死の船員会」のメンバーを抹殺して独裁体制を確保した艦長は、レム恒星系における「大シュガフ船」との大戦争を決定。ついに、イザナを含む偵察部隊が惑星ナインに向けて出撃する！

大シュガフ（衆合）船攻略に向け進撃を開始したシドニアは、ガウナ（奇居子）との遭遇戦に突入した。偵察任務中に、敵のただ中に取り残されたイザナを救うべく、長道（ながて）と融合個体・白羽衣（しらうい）つむぎは戦場へと急ぐが――。立ちはだかる特異な力を持つガウナと因縁の宿敵。シドニアに絶対の危機が迫る!!

巨大異生物と戦う正道ロボットSF！　異生物ガウナに滅ぼされた太陽系を脱出して千年。人類は巨大宇宙船シドニアに乗って戦いを続けている。巨大装甲「衛人（もりと）」新型や新兵器を得て力をつけた人類は、ガウナの本拠地に接近し全面戦争を決意！　 絶対無二のエース操縦士となった谷風長道（たにかぜ・ながて）と、人間とガウナの融合個体・白羽衣（しらうい）つむぎは戦いでも私生活でも大切な仲間になりつつあった。だが融合個体2体目には思わぬ不安が…。