前回の惨劇から1年。会談のため主要12か国の首脳が日本に集結した。『東京ネオタワー』で開催された歓迎式典の最中、正体不明のテロリストが会場を占拠。警備に当たっていた『ＴＨＩＲＤ－ｉ（サードアイ）』の面々と自衛隊精鋭部隊をやすやすと手玉に取った犯人は、犯行声明を発表。その声はなんと行方不明になっていた藤丸（ふじまる）のものだった‥‥!!

死を呼ぶ裏切り!!　犠牲となるのは、あの男……！　――東京で行われる各国首脳によるサミット会場に、不審者が侵入。彼らは各国首脳とその家族を人質にとるが、これを裏で糸を引いていたのは、この国の総理である九条正宗（くじょう・まさむね）だった。テロリストと、総理が相手と知らず、テロを食い止めようと動く「THIRD-i（サードアイ）」。その陰で藤丸（ふじまる）と『J』は、人質の解放と九条の正体を曝く計画を進めるが……。

『THIRD-i（サードアイ）』と作戦を共にする『CRAUNS（クラウンズ）』の間宮（まみや）は裏切り者だった！　間宮と一緒に行動していた槙村（まきむら）は追いつめられ死亡!?　さらに間宮の部下と行動する加納（かのう）にも危険がせまる。一方、藤丸（ふじまる）サイドでも、異変が生じていた。アクシデントによる計画の遅れを取り戻すため、藤丸は危険極まりないタワーへの潜入を試みる!!

ついに最終巻!!　無傷では終われない闘い――誰が残り、誰が消えるのか!?　――テロの首謀者である総理大臣の九条正宗（くじょう・まさむね）は、人質の命と引き替えに各国政府へ米ドルの売却を要求。回答期限が迫る中、テロ阻止に奔走する藤丸（ふじまる）たちの前に、仇敵・折原（おりはら）マヤが現れる。藤丸の手の内を知るマヤにより、追い詰められる藤丸だが……。長きにわたる強大なテロとの闘いに、ついに終止符が打たれる!!