佑河樹里（ゆかわ・じゅり）は失業中の28歳。家では父・貴文（たかふみ）と兄・翼（つばさ）、じいさん三代のダメ男がヒマを持て余している。ある日、甥・真（まこと）が翼とともに誘拐される。身の代金を渡す期限に間に合わなくなった時、じいさんは佑河家に代々伝わるという「止界術」を使い、世界を“止めた”。 だがあり得ないことに、救出に向かった先で樹里たちは自分たち以外の“動く”人間に襲撃される。そしてパニックの中、異形の存在「管理人」が現れ…

何が起こっているのか把握できず止界（しかい）を彷徨う翼（つばさ）と幼い真（まこと）。一方、樹里（じゅり）は子供の頃、止界に入ったことを思い出しつつあった。あの時に出会った少女・翔子（しょうこ）こそ、今回のことの発端であったのだ。他人を止界の外に追い出すという特殊な能力を発動させた樹里は、止界をもたらした謎の石を真純実愛会（しんじゅんじつあいかい）から奪取する。目覚めた樹里の異能は、この世界を突破する光明となるのか？

かつて止界（しかい）の中で、家族を奪われた間島（まじま）。再び止界に戻ってきた間島の目的は、神ノ離忍（カヌリニ）となってしまった家族を捜しだし、解放することにあった。しかし、“霊回忍（タマワニ）を追い出す力”を持つ樹里（ジュリ）がいなければ、その目的は果たせない。瞬間移動能力を持つ祖父と逃亡を続ける樹里は、そんな間島の必死の叫びを聞く……。何が起きるか予測不能!!　1/1000000000000000000000000000000000秒の伝奇アクション。

止まった世界に絶望する時、人は神へと変貌してしまう。「神ノ離忍（カヌリニ）」という名の異形の神に。樹里（じゅり）は涙を流す――兄の翼（つばさ）が、成す術も無く変化する姿に。間島（まじま）は虚ろな眼を向ける――父が最後にあらわした真実の姿に。共に自分の家族を救いたいと願う2人の女は憎み合いながらも共同戦線を張る。それは、神ノ離忍を故意に呼び出し、その魂を解放するという危険な作戦であった。

人を超えた教祖の狂った教義が、“殺意”となって迫る。――永遠の夕暮れに包まれ、すべての停止した世界・止界（しかい）――。「霊回忍（タマワニ）」を制御し生きたまま異形の神になった佐河（さがわ）。その口から発せられるのは、真純実愛会（しんじゅんじつあいかい）の教義の真の意味。そして実行される「虐殺」という行動。それは宗教ではなく理論の実践――止界の神になった佐河と止界に馴染む者・佑河（ゆかわ）家が接触する時、それは再び世界が動き出す前触れか――

永遠の6時59分――森羅万象が止まった世界・止界（しかい）。その中で自意識を保てなかった人間は、止界の守護神「神ノ離忍（カヌリニ）」となる。それは神の名を持ちながら、あまりに禍々しき姿の者――。神ノ離忍の力に順応し、異様さを増す佐河（さがわ）。その一撃に倒れた飛野（とびの）は、“異形の者”へと変貌した。新たな神ノ離忍が蠢く時、止界に生じた“歪み”が顕現する。そして佑河（ゆかわ）家では、ある人物もまた、特殊な能力を獲得した――。

本石の破壊――自らを犠牲にする樹里（じゅり）の“選択”は、止界（しかい）での戦いの様相を、大きく変えた。佑河（ゆかわ）家側に寝返った潮見は、これまでの確執を解消すべく、自分の知る佐河（さがわ）について語る。そして明かされる、佐河の“真の目的”――。佐河との戦いを、未だ回避する方法を探る樹里に、潮見（しおみ）はまた、無情な現実を突き付けた。一方、神ノ離忍（カヌリニ）を操る能力を手に入れた真（まこと）は、貴文（たかふみ）と飛野（とびの）と共に、佐河の行方を追うが――!?

貴文（たかふみ）の奇襲で、致命傷を負ったかに見えた佐河（さがわ）。しかし身体の多くを失いながら、彼はまだ人間として生きていた。神ノ離忍（カヌリニ）の力を借り、凶器と化した佐河の身体が、樹里（じゅり）たちに牙を剥く。異形のモノが跋扈する、時が止まった世界。長きにわたる戦いの行方は――!?