伝説の『魔法騎士（マジックナイト）レイアース』ふたたび!! 苦難を乗り越え、『魔法騎士』となり『セフィーロ』の危機を救った光（ひかる）・海（うみ）・風（ふう）。『セフィーロ』の『柱』であるエメロード姫の願いをかなえ、東京に戻った3人の心に、事実が重くのしかかる。3人は最初に出会った東京タワーで再会し、もう一度『セフィーロ』に行くと決意を固める。そして、崩壊寸前の『セフィーロ』に新たな危機が迫っていた。

『柱への道』は、果てしない『試練』へ……。 『セフィーロ』の『柱』をめぐり、外の3国ファーレン・チゼータ・オートザムが進軍してきた。悲劇をもたらす『柱』制度に疑問をいだく光（ひかる）・海（うみ）・風（ふう）。しかし、大好きな『セフィーロ』の人々を守るために戦う『魔法騎士（マジックナイト）』に他国の姫たちが次々と襲いかかる。ついに、他国が作った『道』に『魔法騎士』の1人が攻め入った時、目の前に現れたのは……!?

いま、最後の審判が下される……!! ――他国からの侵攻を迎え撃つため、『魔神（マシン）』を呼び起こす『魔法騎士（マジックナイト）』たち。その時、モナコが突然語りだした……！　『柱』の資格を持つ者は、わが『道』を通り『試練』を受けよ……と。強烈な力に吸い込まれるレイアースとイーグルが見た出口は、いったい……!?　その場所で最終決戦の火蓋が切られた!!