こころは、運動がニガテな女の子。学校のみんなは仮想空間「BOX」でダンスするのに夢中だけど、なぜかこころのおうちでは「BOX」禁止!!　「BOX」に興味津々なこころは、ある日家族の目を盗んで、自分の誕生石でこっそり「BOX」にアクセスするが…!?　電脳空間に存在する、もうひとつの世界で、こころが出会ったものとは――？

12宝石が司る仮想空間で、ダンスと出会いに満ちた旅がはじまる――。ウイルスによってBOX内に閉じこめられてしまったこころたちのもとに、「現実（リアル）輸送プロジェクト」というメールが届いた！　もとの世界へもどるため開いた扉の先に待っていたのは、紫色に輝くお城がそびえる「2月（アメジスト）エリア」だった!!　こころは無事に現実世界へ帰れるの――!?

「わたし、みんなを助けたい！」仮想現実の世界・BOXで2月（アメジスト）を治める英雄（ブリリアント）・双子のベル＆ベラとのダンスバトルに勝利したこころ。しかし、ウイルスで暴走したベルにより、ひとりBOXから現実（リアル）へもどされてしまう。みんなを助けるため、BOXにもどる手がかりを求めるこころがたどりついたのは……!?

現実から戻り、みんなを探して5月エリアを目指すこころ。だけど、その前に立ちはだかる9月英雄・イヴ。そして、また新たな英雄が――!?　現実から5月エリア、そして新たなエリアへと仮想現実での少女の旅はつながっていく！　新世代・魔法少女の宝石ファンタジー、ついに佳境へ!!

わたし、ゼッタイあきらめない！　少女のねがいが、ネットの世界で花開く――!!　ついにはじまった3月の英雄（アクアマリン・ブリリアント）決定戦。そこで増殖したウイルスが、BOX全体をおおって……!?　BOX最大の危機に、こころは――!?　仮想世界を冒険する少女こころのダンス＆ジュエル・ファンタジー、ついにクライマックス！