地上が絶望に絶望に覆われてゆく…。陥落する聖域を前に、射手座の黄金聖闘士を継承した星矢は、アテナ神殿に囚われたアテナ沙織を救出するために、最大最後の闘いに挑む! 「EPISODE.G」シリーズ、衝撃の最終章が開幕!!

聖域は万摩殿へと造り替えられてしまった!　囚われの身となったアテナ沙織を救出するために、星矢は単身で頂上を目指す。立ちふさがるは原初神により遣わされた三つ目神!　壮大なるバトルが幕を上げる!

崩壊した聖域で、囚われの身となった女神アテナ・沙織を救出するためにアテナ神殿を目指す星矢の前に、黒き一つ目の神が立ちふさがる。圧倒的な力の前に成す術のない星矢の前に、次元を超えて山羊座の黄金聖闘士シュラが救援に駆け付ける! そこで明かされる聖闘士の宿命、そして黒き一つ目の神の正体。絶望が星矢を襲う…。

世界は炎に包まれ、聖域は陥落し、空から星座は姿を消してしまっていた…。地上を襲う炎をその身に受けて人類を守ろうとするアテナ沙織のもとを目指す星矢の前に現れたのは、「一つ目の神」となった城戸光政…。そして明かされる衝撃の事実!　絶望の中でも諦めず立ち上がる星矢のもとに十二の黄金の聖衣が次元を超えて集結した!!　衝撃のクライマックス!!

星矢は人柱となり、アテナは滅びた…。神の勝利を確信した「一つ目神」たちであったが、新たなる「聖戦」の始まりとの言葉がきっかけとなり、再び赤子としてアテナは降誕した。聖闘士が消え去り、絶望が支配する地上。赤子のアテナの前に最後の、そして最初の聖闘士としてフェニックス一輝が帰還した!

地上に再臨したアテナを亡き者として、「聖戦」を再び振り出しに戻そうとするポントス。一輝はアテナを守ろうとポントスに挑むが、地上に聖衣がない今、生身での闘いはあまりにも無謀だった。だがそのとき、暗黒聖闘士の生き残りである暗黒天馬星座が、己の小宇宙の全てをかけて暗黒聖衣を光り輝く黄金聖衣へと再生させた！ 獅子座の黄金聖衣を纏った一輝の拳が希望の光となる！