ようこそ。殺人鬼の凶室へ――。「路上最強」と噂され、妹と二人寄り添い暮らす男子高校生・久遠光太朗。ある日、妹の日向美を拉致したチンピラ達が死体で見つかったことで、殺人の容疑で逮捕されることに。無実の訴えも虚しく、歴史的な未成年殺人犯として、とある学園への移送された光太朗。その学園で待ち受けていたのは＜ある特別な入学基準を満たした＞未成年の凶悪殺人鬼と狂った教師達が集う学園で――。

平等なのは死だけだ――。無実の罪に問われ、凶悪な未成年殺人鬼のみを集めた黒耀学院へと移送されてしまった久遠光太朗は病弱な妹のもとに帰るため、学園からの脱走を試みる。級友である空城硝子の協力もあり脱走まであと一歩というところまで進むも異形の番犬を従えた青錘看守長によって絶体絶命の状況に追い込まれてしまう。起死回生の一手を模索し必死の抵抗を続ける光太郎。その背後に新たな影が迫っていることも知らずに――。

ついに始まった命を賭した殺人教育「林間学校」。標的の首輪を求め、狩りを始める生徒たちだが、その殺意は留まることを知らず、学び舎の友へも向き始める。ぶつかり合う思想、抱える過去、各々の欲求が渦巻き、狂い合う中、果たして光太朗は無事に生き残ることができるのか――。

殺意が交差する「林間学校」もいよいよ大詰めを迎える中甘い希望にすがる光太朗に試練がとめどなく襲い掛かる。一方、進化を望み適者生存の名のもとに本性を仮面の下に隠す御厨へ接触する切原だったが彼の行動は想像以上の事態を起こしてしまう。

本性をあらわにした御厨によって「中間死験」は切原の退場という結末にて幕を閉じることに。混乱するクラスメート達をよそに日常はつつがなく営まれていく中 上級生の魔の手が光太朗に迫る。そして、訪れる最愛の人との再会は――。