時は幕末。この激動の時代において、一番の中心地である京都の治安維持を任された剣客集団、新選組。“壬生の狼”と恐れられた彼らの中でも屈指の剣の使い手であった三番隊組長・斉藤一の元に、ある日１匹の黒猫が現れる。その日から、彼らはお互いになくてはならない存在になっていき――!?新選組の活躍には、実は１匹の猫がいた!?まったく新しい新選組絵巻、ここに開幕！

親を亡くし天涯孤独の身となった黒猫のマルは、父と同じ目をした男、新選組三番隊組長・斉藤一と出会い、いつしか彼に飼われることに！ある日、新選組副長の山南に連れられ島原へやってきたマル。怪しい男に襲われかけるも、監察方の山崎丞に助けられ事なきを得る。その時捕らえられた男はなんと、京の町に火をつけてその混乱に乗じて帝をさらおうという、恐ろしい計画を立てていた！さらに斉藤とマルはその計画の首謀者である吉田敏麿と偶然出会うと、なぜか二人は猫友達になってしまい…!?

斉藤のことを“おとう”ではなく“ニンゲン”だと理解したマルは、松兵衛の飼い主でもあった吉田敏麿を斬った斉藤の姿にショックを受け、彼の前から逃げるように去ってしまう。そしてこれからは１匹で生きていこうと心に誓うも、ことあるごとに斉藤のことを思い出し、心を悩ませることに。一方斉藤もマルのことを忘れられずに苦しんでいたが、そんな彼の元に、マルを見かけたという知らせが届く！急いでその現場に急行する斉藤だが、そこでなんと彼に恨みを持つ長州志士に襲われて…!?