同じ星の適性擬態人タカ派の1人を葬った大佐。だが、その現場を調査する人間が…!?　組織名MIB、アメリカに本部を置く地球外生命体を追う組織だ。組織員アーサーとシェイマスは日本の特務機関の協力を得て、擬態人を追跡開始。ハト派、タカ派、人間の緊迫する追跡劇の中、恋に友情に、人間との青春を満喫する優悟!!　その放漫を見かねた大佐の決断は…!?

優悟の異星人化の決定的瞬間を押さえたMIBは、直ちに城戸家を包囲。潜伏生活発覚に気づいた大佐は、MIBの1人を拘束。そいつに擬態し、証拠隠滅のため調査員全員の抹殺に動く!!　異星人と地球人、ついに殺し合いとなるか…。その時、優悟が!?

擬態人ハト派10万人が地球に来訪して数か月。実験都市・箱庭では、優悟から同期を受けた10万人が人間の目を盗みながら共存生活を送っていた。だが高度な知性と合理性を持つ擬態人にとって、感情的な人間社会に溶け込むことは難しく、様々なトラブルが発生していた。そんな中、同化エリートとして優悟の高校に通学する能瀬や乾や八十は、それぞれの体験を通じて<人間の特権>を探求するが…!? 一方で共存生活を管理する運営サイドのMIBに新たなる勢力が潜入。地球人と擬態人の離間を企てて…!?

地球人との同化不良を起こした擬態人と死闘を演じた優悟。適応できない擬態人を見捨てることなく、人間との真の共存を目指すことを改めて決意した。一方で同化エリートの八十と地球人の愛海の間に重大事件発生!! 宇宙誕生以来初の局面を迎えて、2人が出した結論は…!?

擬態人の八十と人間の愛海との間にMIXベイビーが誕生!! MIBが注視する中、優悟の家で育てられることになった。かなたと名づけられた赤ちゃんは周囲の予想を遥かに超える早さで成長し、驚異の戦闘能力を発揮し始める。少女の無邪気さに隠された不穏な影…!! 一方で擬態人タカ派の3体が地球侵略に向けて本格的に始動し…!?

タカ派に接触した擬態人と地球人のMIX・かなた。彼女の存在と行動により、タカ派たちや箱庭に不満を持っていたハト派たちが動き出して…!? 優悟は、大佐は、擬態人たちは、このまま地球に潜伏し生きていくことができるのか!? エイリアン地球潜伏記、ついに完結！