魔界都市＜新宿＞に起こる奇怪な超常現象……その根源となる老人を＜神＞とし世界の破壊を企む『闇教団』、対する防衛庁所属の『超戦士』。戦場となった新宿で、念法の達人・十六夜京也の念が唸る……!!

『闇教団』のアジトに潜入した『超戦士』……、それは巧妙にしかけられた罠だった。その頃、京也はメフィスト病院に、そこにも『闇教団』の刺客が……。

神がエネルギー供給所を破壊し、そのときから新宿は激しい冷気に襲われた。冷気の中をさまよう片桐さやかを救うべく、街へ飛び出した京也。だが、闇教団が行く手をはばむ……!!

闇教団の魔術で京也は大地下道へ閉じ込められた。地下道で知り合ったサムとともに、出口を求めてさまよう京也は、なんと、モヒカン刈りの男のバイクに乗ったさやかと再開。だがそこに神が現れて……!!

神との闘いで瀕死の十六夜京也と片桐さやかはサムの手でメフィスト病院に届けれらた、早速二人の再生手術にとりかかるメフィスト!!　しかし、京也の手術は失敗!?

医師・メフィストの治療により回復した十六夜京也。魔境〈新宿中央公園〉では『闇集団』と『超戦士』の死闘が繰り広げられ、〈神〉によって与えられた試練に、メフィスト、モヒカン、そして闇から戻った京也が挑む!!

神は公園の奥の朽ち果てた図書館にいた。神に迫る円谷一佐、ロダン神父、そして京也。だが京也は神の手で闇の世界に落とし入れられた……!?

神の手で闇の中へ落とされた十六夜京也。その闇の中で、京也は人類と宇宙の歴史を目撃した。いったい神は、京也に何をつたえようとしたのか……!?　暗黒の旅を終え、京也が出現した場所は、なんとCIAのアジトだった。そしてそこでは宿敵JJと魔道士グレタが待ち構えていたのであった。さて京也の運命は……!?

行く手をさえぎるものを倒した京也は、誘われるように闇教団のアジトへ。そこには、世界の破壊をたくらむ闇司教と、魔界都市のナゾ究明に生命をかける狩賀博士がにらみあっていた。その時、神が出現!神が課したテストとはいったい……!?

闇教団のアジトで、神をも驚くすさまじいエネルギー風を起した十六夜京也。だが、神は「おまえには歩いてもらう」と謎の言葉を残し立ち去った。一方メフィスト病院では、吸血鬼ブライドが悪鬼となってよみがえった……!?