因縁渦巻く虫塚町に暮らす、14歳の少女・羽黒有珠。虫を崇める神社の巫女として悲しい宿命を背負う彼女の前に、ある日、背中にトンボの羽を生やした転校生が出現!? 巫女に仕える式神・真名黒を名乗るこの少年との出逢いが平凡だった有珠の人生を一変させるーー。

死んだ人と虫とが怨みつらみで呼び寄せ合って生まれた融合体“妖蟲”。その化け物を退治する巫女の一族に生まれた有珠は、虫をこよなく愛するがゆえに理想と現実の間で心を悩ませていた。虫も人も傷つけないために、自分にしかできない戦い方がきっとあるはず。虫塚の番人と呼ばれる仲間たちと共に有珠は自らの運命に立ち向かうーー。

親友の紫からあなたの母親を殺したのは自分だと真実を告げられた有珠は、その刹那、プールへと引きずり込まれる。紫の正体が“妖蟲”だったと知ると同時に、これまでふたりで過ごした幸せな時間が走馬灯のように脳裏をよぎる。自責と後悔の念に駆られながら水中で意識が遠のいていく中、有珠に異変が起きるーー。

妖蟲“蟻の上”に立ち向かうため、捨て身の覚悟で人質となった草薙朋晴。そんな朋晴を助け出すために有珠は真名黒と共に要害山へと向かうが、目の前に現れたのは亡き母・珠稀になりすました彼の蟻の上だった…。虫塚町に千年もの永きに渡って続く人と虫との悲しき因縁についに終止符が打たれるーー。