ガルマが死にシャアが消えた、その後の北米にて――。　宇宙世紀0079。地球連邦軍所属の兵士・ナナオは、着任を前に行方不明となった新隊長の行方を捜していた。その名は“レオ・バルナーク”。ジオン勢力圏へと不時着してしまった彼は、一体どこへ――。危険を冒して新隊長の行方を追うナナオたち小隊メンバーだったが、ジオン軍と会敵、絶体絶命の窮地へと追い詰められる。しかし、そこに現れたのは――!?　本格一年戦争ミリタリー開幕!!

錆びついた地平線を背に、漆黒の悪魔が牙を剥く――。　類稀な指揮能力によりダムを占拠するグフを排除した新任隊長、レオ・バルナーク。戦功をあげ続けるバルナーク隊は次なる任務、物資輸送の生命線とされる鉄道基地の防衛を任される。一方、ジオン軍が有する黒きガンダム、通称“RUST（ラスト）”がついに始動。漆黒の悪魔の力が戦場に破滅をもたらす――!?

戦場を支配する漆黒の悪魔に、引導を渡せ――。　地球連邦軍の鉄道基地・フラグスタッフの防衛戦は熾烈を極め、劣勢を強いられるレオたち。さらに本部からの増援が断たれてしまい、戦況は最悪の方向へ…。そんな中、レオは僅かな手掛かりから“RUST（ラスト）”の装甲に潜む弱点を見抜く。紙一重の攻防を経て、レオたちは起死回生の一手を放つが――!?