妹を銃弾から守ったことで意識戻らぬ身となってしまった最強の殺し屋・平良凪（タイラナギ）。 彼は”殺意”を向けられると、わずかな時間だけ意識が戻る特殊体質の持ち主だった。 完全覚醒を果たすため、今日も凪（ナギ）は改造車椅子で強敵達との”リハビリ”を始める――！

”学園”からの刺客・黒坂（クロサカ）兄妹からの襲撃を退けた平良（タイラ）兄妹。 追手から逃れるため、鬼城島（グイチェンとう）の隠れ家を転々とする凪（ナギ）たちだったが、 ”学園”の支配者・先生（センセイ）は、凪（ナギ）奪還のため、最凶の新人・渦（ウズ）を島へ派遣し―――！？ 新たな強敵とのリハビリ開幕！？ バイオレンス・アクション第2弾、始動―――ッ！

“黒い月”の浮かぶ精神世界で、先生(センセイ)と再会を果たした凪(ナギ)。 先生(センセイ)から、己と同じ”完璧”な存在になることを求められるも、彼はそれを固辞。 ”不完全”でも人として生きることを決め、静(シズカ)たちと共に、最終決戦に向け動き始める―――。

鬼城島（グイチェンとう）で繰り広げられた、先生（センセイ）と凪（ナギ）たちとの死闘。 物語は一旦、その戦いから遡ること3年の過去の”学園（ガクエン）”へと舞台を移す――。 凪（ナギ）が首席として君臨していた其処で何が起き、彼らは現在の姿へと至ったのか。 これまで語られてこなかった真相が明かされる―――！

鬼城島（グイチェンとう）を離れた静（シズカ）に数年ぶりに接触をしてきた幽李（ユウリ）。 「戦車椅子（タンクチェア）を復活させる―――。」 言葉少なく決意を述べた彼女と共に、静（シズカ）は再び鬼城島（グイチェンとう）に足を踏み入れ、 凪（ナギ）を救うべく、動き始める―――。