「周囲の人間は俺を、石に狂った賢者だと言った」魔法を極め賢者と呼ばれた男がいた。悲願である賢者の石の作成が己の肉体では不可能と悟り、一か八かの賭けに出る。それは、未来の世界で別の人間へと転生し、新たな強い肉体を得ることだった。彼の転生は無事成功し、強い肉体の証である紋章「純粋印」と、可愛らしいマーズという少年の体を手に入れた。しかし、その紋章は未来ではなぜか「欠陥印」として扱われていた……！――すべては賢者の石のため。最強賢者の新たな歩みが今始まる!!

「悪いが、ここから先――お前の楽しめる時間はない」落ちこぼれに転生した最強の賢者、マーズ。その実力が認知され始めたころ、突如解き放たれた怪物”ソウルイーター”がメルフィス学園を蹂躙する。――皆を守るため、最強賢者は全力で迎え撃つ!!