【デジタル版限定！「少年ジャンプ+」掲載時のカラーページを完全収録!!】「私立ユーカリの葉学園」に入学した新一年生・猫田悠一くん、部活は何にしようか思案中、不可解なクイズと不思議な美少女に出くわす。彼女の名は蟻ケ崎千歳、『放課後ひみつクラブ』の部長と名乗る。学園の隠された謎を解き明かすのが使命なんだとか…。何か放っておけない気持ちになった猫田くんは入部を即決、真実を求め、二人だけのクラブ活動開始へ…!?　蟻ケ崎さんと猫田くん、絶妙なコンビで贈る学園“ひみつ”コメディ開幕!!

【デジタル版限定！「少年ジャンプ+」掲載時のカラーページを完全収録!!】「私立ユーカリの葉学園」一年生の猫田くんは、不思議少女・蟻ケ崎さんと『放課後ひみつクラブ』で活動中。追試のヒミツ、学生バンドのヒミツ、学園祭のヒミツ、旧校舎のヒミツ…etc．蟻ケ崎さんにかかれば、なんてことない日常の出来事も、調べるにつけ、なぜか恐るべき真実に行き着いてしまう…！　蟻ケ崎さんをライバル視する先輩・黒薔薇さんも巻き込んで、今日も学園のヒミツをミッケる二人は大忙し…!!

「私立ユーカリの葉学園」学園祭最終日の夜、『放課後ひみつクラブ』の蟻ケ崎さんと猫田くんは、ある音を聴いたとたん次々と倒れる生徒たちを目撃!!　現場を立ち去る怪しい人影を追った二人が辿り着いたのは生徒会室。集団催眠を企て、生徒たちをゾンビ化する黒幕の正体は…!?　学園に潜む数多のヒミツをミッケる蟻ケ崎さんと猫田くん、次の相手は、漫画研究会、映画部、そして…!?

生徒会長から黒薔薇さんへ『放課後ひみつクラブ』解体の命が下る…。そして猫田くんへ風紀委員からの熱烈勧誘が開始！　はたして猫田くんの選択は？　一方、蟻ケ崎さんは謎の行動へ――!?　校歌の中の謎の歌詞、未来を予知するユーカリ・カルタ、プールの危険物質・ヌッ素の正体、学園の七不思議からUFOとの遭遇まで、新たな課題がてんこもり。蟻ケ崎さんと猫田くん、ミッケ・センスを磨いて続々ヒミツ・ミッケ!!

下校時刻を過ぎても姿の見えない蟻ケ崎さんを捜して図書室の地下へ向かった猫田くんと風紀委員長の黒薔薇さん。二人は謎の屋敷内に隠れる蟻ケ崎さんを発見、そこに暮らす先住民族に足止めをされていたという…！　脱出を妨害する先住民族に黒薔薇さんが発奮、まさかの反撃へ…!?　なにかにつけ刺激的な放課後を送る『ひみつクラブ』に、ある日、謎の人物が接近。蟻ケ崎さんに異変が――!?

久々の帰省を楽しもうと、のんびり実家に帰ってきた猫田くん。出迎えたのはなんと、猫田家ですっかり馴染みくつろぐ蟻ケ崎さんの姿だった…！　「ヒミツ・ミッケ!!!」in 実家ほか、蟻ケ崎さん生徒会長立候補、アイドル部「ぬわちゃん」の正体解明、地獄体験レポート、学園の管理者的存在（マザーコンピューター）との対決（ゲーム）など、放課後ひみつクラブは、数多の難問を乗り越えて絶賛活動中!!

【デジタル版限定！「少年ジャンプ+」掲載時のカラーページを完全収録!!】学園の地下邸宅にやってきた蟻ケ崎さんと猫田くん。テレビでは二人の夢に出てきた謎の少年“ヌコヌコ”の特別番組が…！　猫田くんにそっくりなヌコヌコと、蟻ケ崎さんそっくりなアナ、奇妙な物語の、驚きの中身とは…!?　「ヌコヌコのヒミツ」ほか、蟻ケ崎さんに情報提供する手紙の差し出し人の正体、「ひみつクラブ」潰しに燃える虎ノ門菊子生徒会長の秘策などなど、蟻ケ崎さんと猫田くんを待ち構えるヒミツはまだまだ尽きなくて…!!

ユーカリの葉学園の生徒会メンバーが一堂に会す“ユーカリヒルズ会議”に潜入した蟻ケ崎さんと猫田くん。学園のトップシークレットを入手した二人は新しい世界の主となる「ユーカリのミカド」探しに奔走する。そんな中、ミカドの真実を知った猫田くんに最大の試練が…!!　「放課後ひみつクラブ」の存続はいかに……!?　全世界を駆け巡る学園ひみつコメディ、ついに大団円へ!!