来たる世界大戦に備えて、暗号解読に長けた少女達が集う軍人学校。その名も『暗号学園』!!　そんな高校とは露知らずに入学してしまったいろは坂いろはは、ひょんなことから学園生活を懸けた暗号バトルに巻き込まれることに…。苦戦するいろはだが、その手にはあらゆる戦争を停められる鍵が握られていて…!?　十五の少女達が、銃後で暗号を解く!!　奇想天外な学園ミステリードラマ、開幕!!

「実際の戦争を停めさせてやる」　学級兵長選抜第一戦を終えたいろはは次なるステージへ――。凍（こごえ）からの新たな暗号を前に、いろはが取った行動とは!?　一方、東洲斎派の最後の刺客、夕方多夕（ゆうがたたゆう）もついに本格始動!!　トラウマ必至の暗号バトルがいろはを襲う!!

学級兵長選抜最終課題、題して“筒抜（ツーカー）ポーカー”!!　53枚の暗号化されたトランプを前に、いろは、東洲斎、要塞村、匿名希望が鎬を削る!!　果たして、学級兵長の座を手にするのは――!?　配られた暗号（カード）を解読して、血路を開け!!

暗号学園に眠る暗号資産、500億モルグを懸けたクラス対抗戦がいよいよ開幕!!　潜入捜査を得意とするE組と戦うことになったいろは達A組だったが、相対する学級兵長・縊梨慕（くびなししたい）は東洲斎一派と深い因縁を持つ相手のようで――!?　宿命の相手を前に、A組先鋒・夕方多夕（ゆうがたたゆう）が先陣を切る!!

混戦を極める学年大将の座を懸けた戦い、“三竦み（トリレンマ）捕物帖”!!　三つ巴の戦いが展開される中、A組の「何でもあり」匿名希望はたった1人でB組の3人を一蹴!!　しかし、そんな快進撃を見せていた匿名希望だったが、拷問御免隊と謳われるF組に囚われてしまい――!?

暗号学園メタバース編、突入!!　地下深くに眠る500億モルグを目指し、小芝井躾と共に最下層を目指すいろは達。しかし、地下44階では意外な敵が待ち受けていて――!?　暗号バトルか卓上バトルか！　負ければ即ログアウトの軍法麻雀（マーシャルマージャン）、開局!!