ハイ・ラガード公国の天空高くそびえる“世界樹の迷宮”――。無数の危険な動植物が生息するその広大な迷宮には、数多の冒険者が様々な目的を胸に群れ集う…。そんな迷宮と冒険者の街ハイ・ラガードを、新たに一人の少女が訪れる。少女の名はマナリィ。幼い頃に、この街を離れた彼女が、新米ガンナーとして帰って来たのだ。彼女が命を賭して迷宮に挑む理由とは何か？　少女の冒険が今、始まる！

迷宮第三階層、通称『六花氷樹海』――。未だ踏破したギルドがないと言われるこの第三階層において、公宮による先遣隊が行方不明となった。ただちに冒険者による大規模な捜索隊が組まれる。第三階層に潜む危機とは？迷宮深層に進むにつれ、マナリィたちの戦いはさらに激しさを増す――！