そこは、とある運動不足な人間の身体の中。 長らくの不摂生な生活ですっかりパワーを失っていた筋細胞たちだったが、ある日突然筋トレが始まり、復活の機会が訪れた！ 「なんだそのバキバキの腹筋、板チョコかーっ!!」 オーバーワークや筋肉痛、ストレスによる筋肉の分解などのトラブルが起こる中、新人赤血球の応援を受け、筋細胞たちは日々たくましく成長していくのだった…ッ！ 理想の身体を目指す全人類に捧げる、『はたらく細胞』シリーズ初のムキムキスピンオフ第１巻！

なぜか急速に生活が改善し、 睡眠不足や「つきあい酒」に悩まされることなく、 筋トレを謳歌できるようになった身体の中。 神経細胞が、その理由に独り思い悩む一方、 ウキウキではたらく赤血球は 「そもそも筋肥大って何がいいの？」 「筋トレ後の"サウナ"のメリットって？」 「プロテインって魔法の粉なの？」などなど、 新たな疑問やトラブルに遭遇してゆく。 新キャラもゾクゾク登場で、ますますキレてる第２巻！

「カイシャ」なるものを辞めて生活が改善し、 筋トレが盛んになっている身体の中。 筋肉について熱心に勉強中の赤血球は、ある日 「脂肪が筋肉に変わることがあるらしい」というウワサを耳にする。 身体の役に立ちたい赤血球は、脂肪細胞に協力してもらい、ウワサの検証に挑む！ しかし探り探りの実験は、どんどん怪しい方向へ…。 他にも、突如筋トレが中止させられたり、 「筋トレが三日坊主で終わった」並行世界《パラレルワールド》に 行っちゃったりと事件発生！ トラブルを乗り越えて絆も筋肉もより強く。 目が離せない第３巻！

身体中を騒がせていた、謎の「ドクン」という鼓動。 その原因は、なんとーー「恋」なる感情だった！ なにやら素敵な響きに心おどらせる赤血球は、 「恋」を成就させるべく、ますます筋トレの応援に熱中！ そして精力的に身体を巡るうち、またもや 「同じ筋トレばかりしていると、成長が止まる！？」 「年を取った時に筋肉に訪れる危機がある！？」などなど たくさんのトラブルに遭遇することに。 筋トレで恋は実るのか？ 情熱バキバキ第４巻！！

ツラい失恋をなんとか乗り越え、 平穏を取り戻したかのように見えた身体の中。 しかし突如、失禁寸前＆膝ガクガクの異常事態発生！ 脳には「当たった」という謎の報告が…。 それをきっかけに身体を取り巻く環境は激変し、 細胞たちは「大会」なるものでの勝利に向けて邁進することに。 赤血球も、「血糖値スパイク」、「減量期」、 「アナボリックステロイド」など、様々な事件と向き合うことに。 熱き苦闘のゆくえに刮目せよ！ 全てを出し切る最終第５巻!!