【90年代人気アニメのコミカライズ作品が電子で堂々復活!!】 小学5年生の花丘イサミは、大江戸市にある祖父の家に母親と引っ越してきた。そこでイサミは自分と同じく新選組の子孫という同級生の月影トシ、雪見ソウシらと出会う。3人はイサミの祖父の家の土蔵から、ご先祖が残したという"龍の剣"と数々の発明品を手に入れ、悪の組織"黒天狗党"の打倒を託される――!!

ソウシが公園で出会ったのは、カキッツバタ王国のお姫様！ 並み居るガードマンを振りほどいてイサミ、トシと4人で大江戸城へと観光に赴くが、突如お堀から黒天狗党の巨大カエル型メカが現れて…!?

臨海学校にやってきた3人。見つけた天狗の顔そっくりの岩に近付いてみると、先に来ていたクラスの霊感少女が「岩の奥から霊の声が聞こえる」と言い張る。しかも周辺では行方不明者も続出しているらしく…!? またもや黒天狗党の仕業なのか!?

黒天狗党最高幹部にして科学者である銀天狗が、開発したタイムマシンで悪だくみ！新選組たちが駆け付けるも、どういうわけか銀天狗と一緒に江戸時代へとタイムスリップしてしまい…!? 辿り着いたのは1867年の京都。そこで何と坂本龍馬や元祖新選組と出会って…？ まんがオリジナルの長編ストーリー「タイムスリップ大作戦」！

大江戸市に訪れた束の間の平和を打ち破り、またもや黒天狗党が動き出す！ 今度はイサミの父＝花丘博士が持つルミノタイト100を狙い、銀天狗とゴールデン天狗が博士＆新選組をワナにかける。銀天狗は首領の黒天狗に背くような企みの片鱗を見せる一方で、ゴールデン天狗は“強力な助っ人”を用意しているらしく…!? 「強敵、ニイハオ三姉妹登場」「怪光線をぶっとばせ！」の2篇を収録!!

新選組たちが雪山で出会った謎の生物“ミーオ”。愛らしい風貌ながらも、興奮すると狂暴な姿を露わにする。トシを中心に懐かせつつ傷を負った個体を手当てしていると、怪しい影が近寄ってきて…。そしてどうやらこの生物も黒天狗と関係が深いようで――!?

ヨロイ天狗との戦いの最中、自らの剣を受けてしまい記憶喪失となったイサミ。さまよう中で出会った黒天狗党の落ちこぼれ・7号から「新選組は悪の使者で、自分たちは共に彼らに立ち向かう正義の仲間」だと吹き込まれる。新選組の評判を落とすため、新選組のフリをして街なかでいたずら三昧に及ぶイサミ達に対し、トシとソウシは手を出すこともできず…!?

新選組のピンチに駆け付け助けてくれた謎のくの一の正体は、担任のはるか先生だった！しかも3人の先祖にルミノタイトを分け与えたのは先生の一族で、その故郷の里には巨大なルミノタイトが封印されているという。花丘博士も里に向かっているかもしれないと聞いたイサミ達は、ルミノタイトが眠る里へ行くことに！一方 黒天狗党では、内部で幹部たちが反乱を企てているようで…!?

はるか先生の手引きでルミノタイトを手に入れたイサミ。だが、トシとソウシ、おじいちゃんを黒天狗党にさらわれてしまった。しかも黒天狗の正体が芹沢だと知りショックを受ける。3人を奪還すべく、芹沢コンツェルンの総本山へと単身乗り込むイサミだったが、思ったよりもガードが固くすぐに見つかってしまった！しかしその時、イサミに助太刀をする3体の影が現れ…!?

《本編最終巻★黒天狗の野望の行方は!? そしてイサミの父は無事なのか!?》ついに迎えた黒天狗党との最終決戦！ しかし党幹部3人が黒天狗に反乱を巻き起こし、最終兵器の巨大ロボットも姿を現す。絶体絶命のピンチに追い込まれたイサミ達に、先祖からの思わぬ贈り物が与えられる。 激しいぶつかり合いの末、イサミ達と黒天狗党が知った「本当に強いもの」とは…!?