幼少の頃から「幻妖」と呼ばれる存在が見えた少年・夜島学郎。高校入学初日、ひょんなことから出会ったサブカル好きの幻妖「鵺」に校内の幻妖退治を依頼されるが――…？　学郎と鵺が紡ぐ現代陰陽師譚、ここに開幕!!

藤乃家の命に従い、突如迫り来る代葉。難局を切り抜けるべく、ついに鵺がその力の一端を見せる!!　戦いの後、鵺が代葉に持ちかけた意外な提案とは……。さらに、オカルト部の皆で夏の海へ繰り出すことになって!?

学郎との決闘に敗北した代葉は、鵺の計らいにより学校で暮らすことに。だが、その平穏を破るように代葉の師匠・藤乃双斧が姿を現す。彼が操る式神は、鵺の盡器すらも打ち砕き!?　対する鵺の奥の手とは……。

代葉とシェアハウスをしているとの噂が校内を駆け巡り、困惑する学郎。あれよという間に、シェアハウスの入居権を懸けた殴り合いの争奪戦へと発展して!?　さらに、そこへ駆けつけた七咲（かずさ）に幻妖が取り憑いて…。

突如現れた仇を前に激昂し、猛攻を仕掛ける四衲！　しかし、左腕を奪われてしまい…。絶体絶命の状況で妹を守るべく、奮闘する学郎。その脳裏をよぎるのは幼少期、四衲との別れの記憶。兄妹の過去に何が…!?

日常の影に潜み、暗躍する夜行らレベル4。来たるべき決戦に備え、学郎は更なる修業に臨むことに！　美執村で力不足を痛感した七咲（かずさ）達もまた、修業をつけて貰うよう、鵺に頼み込む。対する鵺が課した条件とは…!?

盡器を解放し、学郎に一対一の決闘を迫るレベル4・輪入道。一方の七咲（かずさ）は、輪入道に捕らわれた人質を救出すべく動く。敵の卑劣な策を打ち破れるのか…!?　許婚の命を奪った、因縁の相手との勝負の行方は――。

60年ぶりに再会し、刃を交える鵺と儡脊。兵一ら隊長達も参戦するが…。さらに、儡脊が鏖の一角と契約していたことが判明する。次元泳統 火車――レベル5の魔の手が迫る!!　混迷極める戦局の行きつく先は!?

鵺の大浴場で始まった恋バナの中で辻田は学郎にアタックすると宣言！　その言葉通りに辻田は学郎を夏祭りに誘う。その頃、儡脊とがしゃどくろの仮契約が成立！　鏖復活を目前に学郎は特訓に明け暮れるが!?

拐われた代葉を連れ戻すべく、藤乃家の屋敷へと向かう学郎。死地に赴く学郎を止めるため、辻田が想いを告げるが…。対する学郎の返事は!?　一方、儡脊達もまた、がしゃどくろの依代を求めて藤乃家へ――？