ゲームデザイナーの佐藤みことは、あまりの激務で過労死してしまい、気づけば自分で開発していた乙女ゲーム「ジュエルサポーター」の世界に転生していた。モブとしてゲーム序盤で死ぬ役目のルチル・ボートウェイに転生したみことは、自分の役目を果たすために、果敢に「死」に挑もうとする。しかし、ゲームとは違う展開に次々フラグが折れていき……。

激務で過労死の末、自分が開発していた乙女ゲーム「ジュエルサポーター」の世界に転生したみことは、聖女覚醒のために死ぬモブキャラ・ルチルとして、親友ナタリーの試練の旅に同行していた。ところが中途半端なままゲームが発売された影響か、バグの連続で逆にナタリーが死にそうに…。ゲームヒロインの死で進行不能になりかかったその時、謎のスキル『バグ修正』に目覚めたルチルは、制作者の意地にかけてこの致命的なバグの修正に成功したのだった。

初めてのスキル発動で気を失ったルチルが目覚めたのは、半年後のことだった。起きた時ベッドには薄汚れたゲームのマスコットキャラ・パールがいて、スキルで本来の綺麗な姿に戻すと、パールの言葉がわかるように。ルチルが生き延びたせいでナタリーは聖女として目覚めることができず、攻略キャラの王子たちも別の運命に変わってしまっていた…。パールに叱咤されたルチルは、学園で真相を確かめるためにまずは半年遅れの入学準備から始めることにした。

いよいよ王立学園に入学！　希望いっぱいで到着したルチルを待っていたのは、理不尽な男女差別と、ジェラルド王子の冷たい怒りだった…。気を取り直し案内された女子寮でいじわるな先輩令嬢ミランダに絡まれたルチルだったが、彼女の髪色のバグに気づき修正。ツンデレと化したミランダが恩返しにと連れていってくれたのは、生徒たちの出会いの場「秘密の舞踏会」。誰にも出会えず帰ろうとしたその時、ルチルに声をかけて来たのは、以前とは姿が変わってしまったテオだった――。

「秘密の舞踏会」で半年ぶりにテオとの再会を果たしたルチル。だが、テオはバグによって以前よりもふくよかな体型に変わってしまっていた。再会もつかの間、学園内に突如、実体化した石像の魔物ガーゴイルが現れた！　ルチルのスキル魔法で元の姿に戻ったテオとミランダの助けを得て魔物のバグを修正し、どうにか騒ぎは収束。翌日、喫茶店で待ち合わせをしたルチルは、テオに自分のスキル魔法について打ち明け、ジェラルド王子の異変の可能性を相談する。お互いの親友のため、2人は改めて協力を約束しあったのだった。

テオの体のバグを治したルチル。これからのことをテオと相談していると、元のゲームのテオのセリフが出てきて、バグが修正されていることをしっかり確認できた。しかし、テオのステータスまでは回復せず、ルチルは本人に影響を及ぼすバグの修正もしなければならないと考えるように……。女子寮での会話の中で、ジェラルド王子とダニエルの喧嘩別れの話を知ったルチルは、次はダニエルに会いに行くことにした。

ジェラルドから一方的な退学処分を下された、スキル武具の天才ダニエル。ジェラルドを恨んだダニエルが敵国と通じるルートを回避するため、ルチルはテオとともにダニエルの故郷パルク村へ向かう。道中、学園の教師メイソンを発見。しかしメイソンは自己保身的な性格と記憶障害を起こすバグで迷子になっていたのだった。ルチルによってバグ修正されたメイソンを加えて、和やかに会話する一行の側へ、不穏な気配が忍び寄る――

スキル武具の天才ダニエルの試作品によって難を逃れたルチル達。やっと対面したダニエルの異変に気付いたルチルはダニエルのバグを修正し、パルク村への到着を果たすのであった。村でのバグ修正中、バグの影響を受けた全員が同じ時期にサリカ地区を訪れていたと発覚する。サリカ地区で討伐隊を率いるジェラルドを欺きつつ調査をするため、ルチルはあるアイデアを実行に移そうとして……。

ジェラルドを騙すため男装をしたルチルは、いつもの仲間達と共にサリカ地区へと向かっていた。討伐隊に先んじて進む道中、ナタリーからの手紙と贈り物のリボンに胸を躍らせるルチル。ナタリーの思惑に気づくことなく目的地に到着した一行は順調にバグ修正をしていく。しかし突如現れた飛竜の襲撃によりルチルがさらわれてしまい……。

飛竜の魔物にさらわれたルチルは、岩山の上にある洞窟で目を覚ました。迫る死になす術がない状況の中、段々と諦めに沈んでいくルチル。しかしメイソンの灯火の魔法とパールの叱咤激励でルチルは気力を取り戻すと、出口に向かって走り出した。ルチルが魔物に追いつかれかけた瞬間、ジェラルドの青い雷を纏った矢が魔物に撃ち込まれる。間一髪間に合ったジェラルド達は、飛竜からルチルを助けることができるのか――!?