立ちはだかる怪異――そして、罪。 人ならざる「兵器」として 軍の管理下に置かれた萩原美月。 天の膿から降り落ちる怪神と、 人類との戦いの最前線で 戦闘することを余儀なくされた美月は 贖罪のため、国に奉公するが…… その「手」の異能は、誰のために？ 怪神手（アヤシデ）たちが動き出す。

史上最大の絶望の中で──想い、交わる。 東京・上野に史上最大の怪神が襲来。 行方不明となっていた萩原美月は、かつての友・ 碧流らとともに怪神を討つべく上野へ急いでいた。 時を同じくして、実験台として軍に囚われていた テンメイ様もまた、美月に会いたい一心で脱走を図る…… 贖罪と、復讐と、無垢な愛と。 歪んだ情熱の先にある、それぞれの希望の正体とは。

旧人類の目的は──全ての謎が明かされる！ 上野怪神災害にて、 ついに再会した美月とテンメイ。 しかし平穏に見えた日々の中で、 美月はテンメイの体に眠る兄・太陽のことを思い出す。 一方、東京タワーでは、 怪神課の長・八島からテンメイへと、 旧人類と人類にまつわる世界の秘密が 明かされようとしていた。 兄か、師か。人類か、旧人類か。 美月が選びとる答えとは──

兄と弟の贖罪の物語、衝撃の終幕へ──！！ 大規模作戦を決行し、 ついに怪神・アイラとの戦いに 終止符を打った美月たち。 一方、テンメイ様は 旧人類・マユの導きのもと、 禁断の記憶の蓋を開こうとしていた。 「テンメイ様」とは誰なのか。 「怪神手」の力の正体とは何か。 すべてが明らかになった時、 兄弟の贖罪の物語は 衝撃のラストを迎える──！！