その脅威、世界のために。 謎の巨大生物により壊滅的な被害を受けた日本。 現代兵器も通じない圧倒的脅威に抗うために 空軍のエースパイロット・獅堂大和が乗せられたのは 「神威」と呼ばれる巨大生物兵器だったーー。

不満ですか? 本部成績トップ程度じゃ。 突如として現れた新たな巨大生物「蠕綱(ぜんごう)」。 その出現時の衝撃に巻き込まれ、大和は神威に搭乗できずにいた。 正規接続手を失った危機的状況の中、 特別対策本部成績トップの実力者・辰巳暁が神威の接続手として名乗りを上げるーー!

神威はまだ戦えます。あなたはどうですか? 攻撃の通らない巨大生物「化鍬」。 絶体絶命に思える戦闘の中で大和と東雲は化鍬の弱点を見つけ、一筋の勝機を掴む。 しかし安堵も束の間、新たな巨大生物「破天」の乱入を許してしまう。 圧倒的存在を前に、再び味わう敗北。 打ちひしがれた先で、大和たちが出した答えとはーー。