美少年趣味と噂の高等部教師・海堂凪の裏の顔は、学園お助け人・スクールガーディアン！巨大すぎる学園都市の矛盾や悪事を解決するため、海堂は暗躍する！今回の任務は、高等部サッカー部のエース・藤原蒼夜の秘密を守る事。男子生徒として入学した蒼夜は、実は女の子だったのだ！そんな蒼夜の秘密を、報道部が嗅ぎつけた。海堂は報道部を遠ざけるため、蒼夜を「所有物」と宣言！おかげで海堂の「美少年キラー」としての名は益々高まってしまい…。