奄美群島にて発見された小さな人型の生き物・蝶人（ハヴィラッチュ）。　絶滅を防ぐために人間によって保護され、交配するつがいを決められている。蝶人の青年・忍野は、つがいであるマイに想いを寄せるが、二人の関係は進まずにいた。そんなある日、マイの本当の気持ちを知ることになる忍野だが…。

人間からの解放を求めて、保護区を抜け出した蝶人（ハヴィラッチュ）の忍野たち。　蝶人たちによる自治区・解放区を目指し奄美群島の片隅にある島「羽部良島」を縦断する。しかし、島に生息する野生動物や他の蝶人たちに襲われて――…。忍野はつがいのマイを連れて、目的地である解放区にたどり着けるのか。

自由を求め目指した解放区への道のりは死と隣り合わせのものだった。　野生動物や敵対する蝶人（ハビラッチュ）たちに行く手を阻まれ忍野たち一行の中には負傷者や命を落とす者も現れた。これ以上の被害をおさえるために三組に分かれて解放区を目指す一行であったが、敵に阻まれた忍野たちは解放区行きの船を逃してしまうのだった。取り残された彼らに解放区へ行くための手段はあるのか…。

自らの意志で生きるため、解放区に辿り着いたが…。敵対する蝶人（ハビラッチュ）をなんとか退け、目的地の解放区に流れ着いた忍野たち。しかし、そこにはつがいのマイの姿はなく、キバキの裏切りも発覚する。マイと離れ離れになった忍野は、再会のために何をするのか…。

攫われたつがいのマイを救うべく、忍野は危険な敵地への道を踏み出した…。　自由を求めて辿り着いた解放区には、理想とは違う現実が待っていた。マイの姿もなく、落胆する忍野だったが、力強く生きるウミの姿に励まされていく。忍野は真壁間切に囚われたマイを助け出すため、解放区の遠征隊として人質奪還の任務に挑む…！

離れた場所で生き抜くマイと忍野。二人が再会するまでの障壁は多く…。　忍野は敵対する真壁間切へ連れ去られたマイを救出するため、遠征隊に加わった。道中に現れた強力な刺客を退け、仲間たちと絆を深めながら進んでいく。一方、真壁では人間と解放区の蝶人（ハビラッチュ）を打ち砕くべく、連合軍の準備が進んでおり…。