西暦20XX年、「仮想世界（メタバース）」が身近となった時代。ある日、進開学園の初等部生・一堂イッキは、突如現れた正体不明の敵・アンノウンに遭遇する。そんな彼を助けたのは、中等部の先輩であり、「シンカリオンE5はやぶさ」の運転士・大成タイセイだった――!!　しかし、アンノウンの攻撃でタイセイが重傷を負ってしまい…!?　絶体絶命となった瞬間――。ヒーローに憧れる少年が今立ち上がる!!

「究極の運転士」を目指し、再現（トレース）の修業に励むイッキ。しかし、黒いシンカリオンが突如出現した情報が届く。そこで明かされたのは、タイセイの姉・大成イナがアンノウン側の敵である可能性だった――!!　そんな中、エルダへの襲撃が再び勃発し、別の黒いシンカリオンの出現で戦況が劣勢に…!?　憧れの人を守るため、イッキは強敵へ立ち向かう!!　――仲間と共に乗り越える、第2巻!!

イッキの親友・アトスがアンノウン側の敵だと判明。重たい現実に戸惑うイッキだったが、かけがえのない繋がりを守るため、再び戦うことを決意する――!!　そんな中、仮想世界（メタバース）ではアンノウンの侵攻が開始。シンカリオンの力を模倣（コピー）したアトスと交戦するが、そこで、親友が抱える悲しき過去を知ることに…!?　世界の命運をかけた、二人の最終決戦が始まる――!!　「カッコイイ男」を目指すイッキの物語、ここに完結!!