前向きな心を失ってしまった人間が、その魂を魔法の世界『ホロキャス界』に吸い込まれてしまう現象『ユメオチ』。それにより生み出される怪物『コラプサー』の被害が拡大していた。『コラプサー』を倒し、『ユメオチ』してしまった人々を助けるため、人気“ホロキャス”配信者の天音かなた、さくらみこ、姫森ルーナ、宝鐘マリン、紫咲シオン、沙花叉クロヱは、魔法少女『ホロウィッチ』に変身し、戦う日々を送ることに！　人々に夢と希望を届ける魔法少女たちの物語がはじまる。

魔法少女クロヱによる決死の活躍により、『マレフィクス』襲来からの危機を切り抜けたホロウィッチ達は、魔法の世界『ホロキャス界』から戻り、一時的に真秀野町での日常を取り戻していた。そんな折、「人がスマホに吸い込まれる」という奇怪な噂について話していた白上フブキと雪花ラミィは、偶然出会った紫咲シオンと迷子の子供と共に、『ホロキャス界』へ吸い込まれてしまう。現れた『コラプサー』に対抗するため、シオンは魔法少女として変身するが、戦いの先に、ホロウィッチは大きな変化を迎えることに。その余波は、マリンの胸にも静かに影を落としていく――。