200年前、突如として世界に霊気が満ち、悪魔が現れ文明は崩壊。人類はその脅威に晒されながら、混沌の時代を生き抜いていた。そんな中、霊気に適応した者たちは「遺伝子覚醒者」として覚醒し、超常の力を得て戦いに身を投じていく。光崎傑は、かつて統一試験で首位を獲得した秀才ながら、難病を抱える妹の医療費を稼ぐため、複数の仕事を掛け持ちする日々を送っていた。ある日、悪魔の襲撃に巻き込まれた子供を救い、命を落とした傑は、幼い頃に拾った謎のペンダントによって「悪魔の木」に導かれ、炎の悪魔と契約を結ぶ。契約の代償は「他人の涙」。力を得るたびに誰かを傷つけるという運命を背負った傑は、「魔契約者」として蘇り、妹の病を治すため、命を削りながら戦い続ける。一方、魔契約者を排除しようとする政府組織「魔防部」、そして彼を仲間に引き込もうとする謎の集団「魔爪」が暗躍を始める。正義と悪が交錯する世界で、傑は何を守り、何を犠牲にするのか――そして、彼の出生に隠された真実とは？