京都の古い神社から見つかった古文書。そこには牛若丸（源義経）が、若干16歳にしてこの世を去ったと記されていた。驚愕のもうひとつの義経伝説がここに始まる！　──時は遡り平安時代末。京の都での出来事。旅芸人の少年・漂太は自分と外見が瓜二つの牛若丸（源義経）の身代わりを依頼された。漂太と牛若丸――二人の数奇な運命がここから動き始める。2004年、講談社漫画賞少年部門を受賞した傑作、開幕！

平清盛が最高権力者の時代。牛若丸（義経）の身代わりになった漂太は、清盛の前でも完璧に牛若を演じてみせる。しかし、その姿に将来自分をおびやかす資質を予見した清盛は、罠を仕掛ける。遊び相手と称して漂太の元に送った小太郎、小次郎兄弟。二人は禿頭（かむろ）と呼ばれる平家が設けた陰口聞き込み隊だった。清盛の思惑通り、罠にはまり捕らわれる牛若丸の母・常盤。その母を助けるため漂太は山寺へ行くことを決意する。

「山寺で僧となり、一生人界との縁を断て」と、清盛から山中の鞍馬寺へ追放された、漂太演じる牛若。さらに清盛は牛若の命を狙い刺客を送るが、漂太は護法魔王と名乗る天狗に教えを受け、からくもこれを退ける。これが大きな事件の発端となった。漂太の透徹した視線は、清盛の悪意をも凌駕する！　一方、漂太と同室の吉兆丸は、貧しさを理由に公家出身の宗蓮たちにいじめられていた。だが、漂太は吉兆丸の味方につき……？

遮那王、そう名付けられた漂太の前に、異形の僧・鬼若丸が現れる。蔑（さげす）まれる人生を送ってきた彼と心を通わせ、友となる漂太。 初めての友情に、心からの涙を流す鬼若丸は、漂太の危機にその身を投げうつ！　この友こそが、後に義経の稀代の忠臣となる武蔵坊弁慶の若き姿であった。心通わせた友とすれ違うように鞍馬に現れたのは、立派な輿（こし）に乗った美しい少女・徳子。ここにもう一つの運命の出会いが……？

天狗を探しに鞍馬山を訪れ、漂太（遮那王）に出会った少女・徳子。マムシに咬まれた徳子を漂太が救い、二人は淡い好意を抱き合う。が、徳子の父は、思ってもみない人物だった！　一方、本物の牛若は、漂太の仲間・軒下一座とともに高貴宴に招かれる。しかし、それは清盛の太政大臣就任の宴だった。入れ替わりが清盛にバレれば命はない。────清盛の魔手が牛若に伸び、そして牛若は、己の一生をかけた決断を下す!!

一生を家の蔵に閉じこもって過ごす決意をした本物の牛若。一方、漂太（遮那王）は、仲間である軒下一座の面々を鞍馬寺に僧兵として迎え入れるため、影の頭領・鎌爺と一戦を交える！　そんな中、女の子でありながら、僧兵として寺に入った「りん」の正体がバレてしまい……？　そして漂太は、牛若の兄・頼朝の悲しい身の上を聞く。平治の乱で出陣した少年・頼朝は、父を失い、捕えられ、清盛によって伊豆に流されていた──。

平清盛の娘・徳子が天皇に嫁ぎ、平氏の勢力をさらに盤石なものにしていた。そんな中、源氏でありながら平清盛に仕える源頼政が鞍馬を訪れる。漂太（遮那王）に出会い、その才能を見出した頼政は、源氏の未来に希望をつなぐ。一方、久々に蔵を出た本物の牛若は、平氏の使者にその姿を見られてしまう。六波羅の調べが漂太にも及ぶと直感した牛若は鞍馬へと向かうが、病は着実に牛若の身体を蝕（むしば）んでいた……。

清盛の疑いが漂太（遮那王）に向いていることを警告するため、牛若は病をおして鞍馬に駆け付ける。久々の再会に楽しく会話を交わす牛若だが、彼は己の死期を悟っていた。「平家を討つ！」　漂太とともに宣戦布告の矢である鏑矢を六波羅に向けて放つ牛若。が、鞍馬から戻った牛若は吐血して倒れ……？　そして鞍馬寺には、漂太の天与の才を恐れる清盛が現れる。源氏を、侍を捨てた証しとして得度（とくど）して出家せよと迫るが!?

漂太（遮那王）に平家打倒の望みを託し、本物の牛若丸は逝ってしまった──。己の死期を悟っていた彼の最後の望み通り、漂太は身代わりではなく、源氏の棟梁の子・牛若丸として生きる決意をする。牛若の遺志を継ぎ、平家打倒の力を蓄えるためには、鞍馬を脱出し奥州へ行かねばならない。だが、鞍馬へ戻った漂太を待っていたのは、寺の厳しい監視だった。幼なじみである軒下一座の面々との別れに、漂太の心は揺れる……。

本物の牛若の義父である藤原長成は、金売り吉次という商人に頼み、漂太（遮那王）を奥州平泉へと逃がすことにする。しかし、奥州行きを前にして、遮那王は五条大橋に出没する怪僧・武蔵坊弁慶の噂を聞く。弁慶の正体は、かつて生涯の友情を誓った鬼若なのか？　漂太は弁慶の悪行を止められるか!?　いざ決戦、五条大橋！　そして、漂太は奥州を目指す。しかしそこにも清盛の監視の目は光っていた……！