楽しい高校生活を夢見る少女・露木亜子（つゆき・あこ）は、ある日、神社に置いてあったみかんを触った瞬間、突然4年後の未来へタイムスリップしてしまう!!　「4年分の時間」と「普通の高校生活」を一気に失って自暴自棄になる亜子……。だが、転校した先の高校で彼女を待っていたのは、“時間”と“みかん”をめぐる思いもかけない事件たちだった――。愛媛県今治市を舞台に女子高生3人が奔走する、甘くて酸っぱい青春SF物語!!

10年前に忽然と姿を消した物理部部長・戸村雅一（とむら・まさかず）。タイムマシンを発明したとされる彼が残したのは、黒塗りの古い学術論文と“みかん”に関する謎だった!!　アイドル志望の橋本空美（はしもと・そらみ）と科学オタクの高科間由里（たかしな・まゆり）、個性的な2人の協力を得る事になった露木亜子（つゆき・あこ）は過去に戻る方法を模索し始めるのだが……!?

異端の物理学者・佐伯岩男（さえき・いわお）について調べるため、今治を飛び出し大阪理科大へとやってきた亜子（あこ）達！　戦時中を生きた佐伯教授の痕跡を探すうちに、なんと彼がみかん農園を経営していた事実が判明!!　どうやら“ミンコフスキー”という名前のみかんがタイムスリップに深く関わっているらしいが……!?

大阪理科大学の大学院生・堀田（ほった）の協力により、ついに佐伯岩男（さえき・いわお）の研究ノートを手に入れた亜子（あこ）達！　それによると、ミンコフスキーを育てていた佐伯みかん園はすぐ近くの喜民島にあったらしい!!　早速、自転車に乗ってしまなみ海道を渡る3人。果たして、不思議なみかんを見つけられるのか!?

BONジュース工場でもミンコフスキーを見つける事ができなかった亜子（あこ）達は、タイムマシンの開発者・戸村雅一（とむら・まさかず）の自宅で手に入れた“未来の写真”に再び目を向ける。夏の制服を着た自分達が写っていて、撮られた覚えのない1枚の写真。戸村と3人をつなぐ接点とは、いったい……!?

タイムスリップ先の2018年において、自身が行方不明になっている原因を探る戸村（とむら）。そんな彼の耳に、“雀荘ひろせ”で起きた爆発事故のニュースが飛び込む……！　そしてつながっていく過去と未来。露木亜子（つゆき・あこ）を巡る“時間”と“みかん”の物語は、一気に予測不可能な結末へ向けて動き出す!!