主人公のミライは小学生の時にカードゲーム「デュエル・マスターズ」、略して「デュエマ」にハマっていた。時が経ち中学生となり、そんなことはすっかり忘れていたのだがひょんな事件から小学生の時に埋めたタイムカプセルを掘り起こすことに・・・。中から出てきたのはデュエマのカード。そして時を同じくして現実世界でクリーチャーを目撃することに…。突然、現実世界でデュエルを行う運命になったミライの「なぜこんなことに?」は物語が進むごとに次第に明らかとなる…。

ある日突然、デュエル・マスターズのクリーチャーを具現化できる能力をもったミライ。幼馴染のアリス、親友のレエンと激戦を繰り広げ、経験を積んでいく。その頃、巷をにぎわせていた謎の人体発火事件の捜査に巻き込まれることに・・・今までの相手と違い、ミライを消しにかかる凶悪な敵「龍神」にどう立ち向かうのか？

謎の人体発火事件の犯人とのデュエルを超えて、強くなったミライ。 事件解決のごほうびとして仲間たちと豪華客船の旅に招待される。 きらびやかな世界に浮かれる一行だったが、その裏ではブラックボックスと呼ばれる謎の箱に入ったカードを賞品とした強豪たちのデュエマ大会が開催されていた…。 エントリーしたミライと仲間たちは大会でどんな強敵と出会い、どんなデュエルを見せるのか・・・ いまその実力が問われる!!

豪華客船上で開かれたデュエマ大会に招待された主人公のミライたち。 主人公のミライだけが予選落ちするも、 仲間は順調に決勝トーナメントへ勝ちあがる。 だが決勝ではひとくせもふたくせもある強力デッキの使い手たちが待ち受けていた…。 ミライに代わって優勝するため奮闘する、マナミ、レエン、アリスは勝ちあがることができるのか!? 大会の裏で暗躍する謎の組織、九龍の刺客とはいったい何者なのか？ 大会の優勝賞品「ブラックボックス」の中身とは何なのか？ そして予選落ちしたミライが知った、大会に隠された真の目的とは

ミライたちが参加したデュエマ大会に秘められた真の目的…禁断のカードの封印を最強のデュエリストに解かせるためだった!! 阻止すべく奮闘するミライたちだが、ついに封印が開いてしまう…。 中に入っていたカードとは!?　そして人類の未来をも変えるその能力とは!? 本誌連載終了後に100P以上のボリュームで描かれる真の最終デュエルを完全収録!! 特典に高橋先生描き下ろしイラスト、「紺碧術者　フューチャー」つき!!