忍者を養成し、現代社会に送り込むのを目的とした高校、私立忍ノ者高校！そこに創立者の孫・猿飛肉丸が転入してきた！校長の可愛い娘・霧賀魔子と肉丸は幼馴染で大の仲良し。さて、肉丸と魔子・珍コンビの活躍は!? ニュータッチ忍者コメディー参上！

忍者養成学校・忍ノ者高校に通う猿飛肉丸と校長の娘・霧賀魔子は大の仲良し。これに忍びの緒方先生、時期生徒会長を狙う風間小太郎、美人の女番長・石川美加たちがからんで大騒ぎ。さらに肉丸に弟子入り志願の服部優一郎が現れて!?

忍ノ者高校は忍者を養成する学校！創立者の孫・猿飛肉丸と校長の娘・霧賀魔子は大の仲良し。下級生の服部優一郎に弟子入りを迫られたり、祖父と破門された警察官である父との争いに巻き込まれたり、忍豚・捨丸が家にやってきたり大騒動の第３巻！

忍ノ者高校名物、猿飛肉丸＆霧賀魔子の珍カップルはどうやって生まれたのか!? それは10年前、７歳の魔子が父に連れられ、忍びの里を訪れることからはじまった！さらに女の子の衣服を吹き飛ばす肉丸の秘術・胃の笛の術も登場し、サービス過剰な第４巻！

一見するとただのデブで食いしん坊の猿飛肉丸は、実は忍者養成学校・忍ノ者高校の最優秀生徒なのだ！それを信用しない企業連合が、調査員を派遣、肉丸の実力を試すが!? さらに忍豚・流星号を連れた少年忍者・猫若丸が猿飛家にやって来て!? またも大騒動で霧賀魔子ちゃんも困惑の第５巻！

忍者養成学校・忍ノ者高校の名物カップル、猿飛肉丸＆霧賀魔子。二人に緊急事態発生！５年ぶりに海外から帰国した魔子の母親・亜子が、二人の仲を認めず、別れることを強制。理事長という立場を利用して、体重別クラス編成という荒業を使ってきた！試練の第６巻！

伝説の幻術使い・果心居士が遺し、天下を獲る秘法が記されたという果心風塵帖。これをめぐって、幻術使いと忍術使いの戦いが勃発。魔性の目「水晶眼」を持つ霧賀魔子は、幻術使いの仲間となり、忍ノ者高校を襲撃、高校は全焼してしまう。敵味方に分かれて戦うことになった肉丸と魔子。ふたりの運命が激変する運命の最終巻！