岡島緑郎は旭日重工の会社員。重要なディスクをボルネオ支社まで船で運ぶ役目を担っている。だがその途中、「ブラック・ラグーン」と名乗る４人組に襲われ、緑郎は人質に取られてしまった。ブラック・ラグーンはクライアントからの注文を忠実にこなす裏社会の運び屋だ。旭日重工は東南アジアへの非合法ルートを使って密貿易をしていて、クライアントは自分たちもそれに一枚噛ませろと要求してきて…!?

第二次世界大戦末期、オランダ領インド沖に沈んだ、ドイツ海軍のVII C型攻撃潜水艦U-234の中から、１枚の絵画を引き上げる仕事を請け負うことになったラグーン商会のメンバー。だが、海上で仕事に取り掛かったとたんに謎の調査船が現れ、TOW（対戦車用ミサイル）を打ち込んできた!!　はたしてロックたちは無事にお宝を手にできるのか…!?

街のマフィアの幹部を次々と惨殺していた犯人は、まだ幼い双子の男女だった！　部下をむごたらしく殺されたバラライカは、復讐を誓い、双子狩りを開始する。そんな中、当の少年たちは、依頼主であるイタリア系グループの事務所に襲撃をかけていた！　雇い主までも手にかける非情な双子の運命は…!?

イスラム過激派のテロ計画書をフィリピンのアメリカ軍基地へ運ぶラグーン号の面々。しかし、竹中とイブラハ率いるテロ集団に襲撃され、大激走のカーチェイスへ！　レヴィは２挺拳銃で相手を派手に蹴散らすが、ロックは変な煙草を吸ってトランス状態に…!?　そして、バラライカの通訳として、仲間のレヴィと共に日本の地を踏んだロックは、ロシアマフィアを含めた関東のヤクザ抗争に巻き込まれていく!!

チャカにさらわれた雪緒を救出するため、レヴィや銀次と共にボウリング場へと急行するロック。その車中、いまだロックの肩入れする理由に納得していない銀次が事情を問うと、ロックは「彼女はこの世界にいていい人間じゃない」と答える。やがて車は目的地に辿り着き、ロックは裏口から、そしてレヴィと銀次は真正面から突入して…!?

ある日、レヴィが暴力教会のエダのもとを訪れて酒を飲んでいると、ジェーンという女が助けを求めてきた。彼女を追ってきた男たちが発砲したため、怒ったレヴィたちは応戦して追い返し、結果的に彼女を助けた形となる。その後事情を聞くと、彼女はマフィアから旧ドル紙幣の偽造を請け負ったものの、期限が大幅に遅れ、しびれを切らした連中に追われる羽目になったらしく…!?

ロベルタがロアナプラに現れた動機が、当主の敵討ちであることまでを突き止め、酒場「イエローフラッグ」に向かっていたダッチとベニー。だがその頃イエローフラッグは、もう１人のキリングメイド・ファビオラと、コロンビア系マフィアとの壮絶な銃撃戦の舞台に！　ゲテモノみたいな擲弾筒まで撃ちまくり、店は見る間にオープン・カフェへと化していく…!!

主人の仇である米特殊部隊を抹殺するため、再びロアナプラに現れたロベルタ。一方、その米特殊部隊潜伏の目的が分からない張は、この街への米国の干渉を避けるため暴力教会へ赴き、そこである人物と連絡を取る。「彼女」は米国の組織の人間にも関わらず、利害の一致する張に情報を提供してくるのだが、それを聞いた張は…!?

錯乱状態のロベルタからガルシアを救ったのは、皮肉にも彼の父の仇である米特殊部隊だった。一方レヴィたちは、なおも死体の山を築き続けるロベルタとついに遭遇!!　シェンホア、ソーヤー、ロットンを一蹴するロベルタの前に、レヴィの制止を振り切って駆け寄るファビオラ。血まみれの微笑を浮かべるロベルタは、もはや以前の“婦長様”ではなく…？（第65話）

ロックに蔑みの言葉を残し、ロアナプラを去ったガルシアたち。彼らの残した言葉にロックは己の立ち位置さえも揺らぎ始めていた。そんな折、偽札事件のジェーンがロアナプラへ帰還する。彼女のハッカーグループへ入団を希望する馮亦菲（フォン・イッファイ）という中国人女性をテストするためだ。だがジェーンは、馮の“本当の目的”をとっくに見抜き罠を仕掛けていた…。