東北地方に古くから存在する巫女・イタコ。縄文時代から続くとも言われるその伝承の秘密をテーマに講義を行う宗像のもとに、かつての教え子・津島が訪ねてきた。夫と死別し、用事が終われば故郷・青森へ帰るという津島と当地での再会を約束した宗像は、調査のためひとり青森の地に降り立ち、西津軽郡木造町に住むイタコ・赤倉ハルのもとを訪れる…。

犬を拾ってから、本業の造園事業が好調になったという歴史研究家・花崎。その話がまるで「花咲爺」のようだと感じた宗像は、その話の元になったという中国の「狗耕田」という民話を思い出す。しか、しふたつを比べてみると、「花咲爺」は登場する主人公たちが赤の他人であるのに対し、「狗耕田」は兄弟の話。このすり替わりがなぜ起きたか不思議に思った宗像の脳裏には、古代日本で起きたある事象がよぎり…。

長野県諏訪地方。縄文時代の蛇神・ミシャグチの巨大な神像が御射山（みさやま）の洞窟で見つかった。宗像は地元考古学界の力で遺跡の保護を進めるよう促すが、すでにこの山はIT長者の網野に買い取られて手出しの出来ない状態となっていた。網野の狙いは、遺跡の発掘物を東京に丸ごと移動させて、縄文ミュージアムを作ること。しかもそのプロジェクトには、忌部神奈も関わっているようで…。

神話の中で、高天原から降りてきた神ーを地上へ案内する役割を担った神・サルタヒコ。現在も日本各地の地名や神社にその名を残すこの神の正体はどんなものであったのか!?　サルタヒコについて興味を持った宗像は、海辺にあった建造物の復元事業に熱心な観光会社社長の羽柴と出会い、ある説にたどり着くのだが…。

世に名高い悲恋の物語、道成寺の「安珍清姫伝説」。旅の僧・安珍に恋をした庄屋の娘・清姫がその叶わぬ恋に身を焦がし、蛇となって道成寺まで安珍を追いかけたという話である。ある日、その舞台となった和歌山県の日高川から、道成寺のものではないかと噂される鐘が発見された。現場に赴いた宗像は、そこで鐘の発見者である女性ダイバー・早鷹渚と出会う。渚の面影に、宗像はある女性のことを思い出すが…。

誰もが知っている「竹取物語」と「浦島伝説」、このふたつには奇妙な類似性があった…!?　月や竜宮と地上の世界とでは、時間経過の差があること。悲しい別れの末、故郷に帰ること…等ー。その謎を解明すべく、九州から隼人が移住してきたという京都の地を訪れた宗像だったが…。

誰もが知っている童話「赤ずきん」。ハッピーエンドとして伝えられるこの話だが、グリムが脚色するより前の話では、残酷で血なまぐさいものだった。宗像たちは「赤ずきん」に似た話を伝えるという老婆を訪ね、東北の山深い村を訪れる。だが、奇しくもその老婆は亡くなった直後で、村内には異様な空気が漂っていて…。

事業に失敗し疲れ果てた男が、20年ぶりに故郷の村を訪ねた。人ーの温かな気遣いに護られ、励まされて育った村へ。しかし、村はすでに過疎化によって廃村となっていた。そこで男が見た、不思議なものとは…。別府湾にあったという海に沈んだ「瓜生島」、新潟に伝わる「一つ目の黒入道」、各地の伝説に宗像は呼び寄せられるように挑んでいく!!

「なまはげ」に代表される、仮面をまとった来訪神。東北や北陸に多く見られるが、同じような風習は中国やヨーロッパにもあるという。だが、その風習のある土地は外国では内陸に分布しているのに対し、日本では沿岸部のみ。海から来た仮面の来訪神とは何者なのか…。宗像が北陸の地で謎に迫る!!

約900年前の出雲に、倒壊した出雲大社が再建できるほどの、大量の巨木が流れ着いたという。あたかも神助のような、長さ45メートルの巨木100本…いったいどこから漂流してきたのか!?　一方、現代でも、2007年の新潟県中越沖地震の際、震源地に近い出雲崎沖に突如、大量の古木が浮上したという。このふたつの謎、宗像の推理で結ばれるのか…。