月面都市を舞台に女王蟻と呼ばれる少女の活躍を描いたＳＦアクションファンタジー。虫を素体にした新たな労働生物“ＡＮＴ”によって発展を遂げた月面都市。そんな月面都市に移住して警察官として働く地球人の少女・如月ハヤセ（きさらぎ・はやせ）は、身柄確保を要請されたアジア系地球人を追っている途中、月面都市管理省ＡＮＴシステム統括官“女王蟻”と出会い……!?

テロリスト“街使い”と激闘の末、行方不明になった捜査官・如月ハヤセ（きさらぎ・はやせ）と女王蟻。その後、女王蟻専用ＡＮＴ・シルバーガンが残した繭の中で女性の遺体が発見され、それが女王蟻だと断定される。一方、幼稚園児を送迎するＡＮＴが暴走し、園児達を救出するために出現した新たな女王蟻の顔を見た警察官・アテナとロロは、かつての同僚であるハヤセだと気づくのだが……!?

ＡＮＴの「卵」がある火星開拓船を追ってきた新女王蟻・如月ハヤセ（きさらぎ・はやせ）の前に、幼女のように変化したかつての女王蟻・沢渡シーラ（さわたり・しーら）が現れる。その後、互いに戦いながら記憶を共有したハヤセとシーラは、火星開拓船へ乗り込んでテロリスト“街使い”と対決する。しかしその時、ＡＮＴの「卵」が孵ってしまい……!?ハヤセとシーラは月の危機を救うことができるのか？それぞれの想いが交錯する感動の完結巻。