南海の小島、ルパット島を本拠にするモロモロ団に日本人が次々と襲われ殺される事件が起きた。それでもルパット島に降り立った一人の男。その男もモロモロ団に襲われた所を少年ハリマオに救われた。ルパット島に近づく者は、なぜ狙われるのか。甲賀大尉に５歳のころから甲賀流武芸百般を教え込まれた少年ハリマオと、世界の平和を乱す悪、モロモロ団との凄絶な闘いの幕が切って降ろされた。そして、その闘いは看護師のチワワなど周囲の人たちを巻き込み…。

旧日本軍が開発した、小さな山なら一瞬で吹き飛ばす恐るべき新兵器、熱線銃の弾丸の原料となるウラトウム鉱石が出る、ＳＳ島。ウラトウム採掘の重労働をさせるため、モロモロ団は屈強な男たちをダマして集める。モローの女神を崇拝し、世界を手に入れようとたくらむモロモロ団の野望を、少年ハリマオが打ち砕いたかに思えたが、策を巡らし、少年ハリマオを捕えようと…。

山田長政の一族が世を忍んで住みついたといわれる伝説のユンタ部落。伝染病騒ぎで誰もいなくなった部落に現れた老婆は、むらさきの石を見つけ出し姿を消した。そして、少年ハリマオや看護師チワワの診療所に現れ、自分の体内に入れられたむらさきの石を取り出せと命じる。その石を見た少年ハリマオたちを生かしてはおけぬと、老婆は死のネズミを使い…。むらさきの石の秘密とは!?

猿を殺し、その生き血を吸い取り、ジャングルの住民たちを恐怖に陥れる不気味な仮面の男たち。その正体は赤いたつまきの中から現れ、指先から銃弾を撃ち、ジャングルの平和を乱す、赤いたつまき一味。少年ハリマオは一味を探るべく、シンガポールの化学研究所のギリス博士を訪ねるが、博士の腕には赤いたつまき一味の目印、猿のシッポの入れ墨が。そして少年ハリマオ最大の危機が!!

チェック少佐が乗った人間衛星ロケットが故障し、マライ半島の人跡未踏の深いジャングル、ケルチョン渓谷に落下。何度も救出部隊が向かったが、一人として帰って来ない。救出隊本部は少年ハリマオにゴリキ大尉と協力して、秘密裡にチェック少佐救出を依頼する。ケルチョン渓谷に着いた少年ハリマオを襲う謎の原住民たち。いったい何が隠されているのか!?