時は明治。文明開化も曙（あけぼの）の帝都・東亰（とうけい）の闇を払うべし！　魔を鎮めるは16歳の乙女、倉橋しずめ。京の陰陽師・倉橋彦文（くらはし・ひこふみ）と、神を呼びおろし憑依（ひょうい）させ能力をふるう修験者、御法実（ごぼうざね）の母の間に生まれし娘。帝都にはびこる化け物に、密偵・乾虎源太（トラゲン）と一緒に立ち向かえ!!　

九十九神（つくもがみ）の力をその身に宿した少女・倉橋（くらはし）しずめと、密偵・乾虎源太（トラゲン）は、帝都・東亰（とうけい）にはびこる闇を退治する“怪異見廻組（かいいみまわりぐみ）”を結成、化け物退治に乗り出した。しかし、そんな彼女の力をねらう謎の一団・東方支天衆護神民（とうほうしてんしゅうごしんみん）の刺客が次々と襲い掛かる!!

相棒である密偵・乾虎源太（トラゲン）を、東方支天衆護神民（とうほうしてんしゅうごしんみん）にさらわれてしまった九十九神遣いの倉橋しずめ。「彼を失っては生きていけない！」そう思ったしずめは、全力をかけてトラゲンを守ろうと誓う。しかし彼は、支天衆の手によって朱雀（すざく）に寄生されてしまった!!　彼を助けるため、若き日の南方熊楠（みなかた・くまぐす）とともに巨大な敵に挑む!!